[发明专利]从中药等天然产物混合体系中高效、快速获取靶分子与靶蛋白复合体精细三维结构的新方法

权利要求书

1、一种从天然产物混合物备选库中高效、快速获取靶分子与靶蛋白复合体精细三维结构的方法，是基于蛋白质晶体结构从天然产物混合物备选库中获取靶分子与靶标蛋白复合体的精细三维结构；其特征在于包括如下步骤：将靶标蛋白质的晶体与天然产物混合物备选样品接触，分析靶标蛋白质的晶体与天然产物混合物备选样品接触后的晶体的X射线衍射数据，获得与靶标蛋白结合的靶分子的电子密度，进而获得靶分子与靶蛋白复合体的精细三维结构。

2、根据权利要求1所述的方法，其特征在于包括如下步骤：

(1)选取靶标蛋白质；

(2)制备靶标蛋白质的晶体；

(3)制备天然产物混合物备选库；

(5)将靶标蛋白质的晶体与天然产物混合物备选样品接触；

(6)收集并分析步骤(5)中将靶标蛋白质的晶体与天然产物混合物备选样品接触后的晶体的X射线衍射数据，获得与靶标蛋白结合的靶分子的电子密度；

(7)鉴定靶分子，获得靶分子与靶蛋白复合体的精细三维结构。

3、根据权利要求2所述的方法，其特征在于包括如下步骤：

(8)靶分子的优化和进一步的生物学实验。

4、根据权利要求2所述的方法，其特征在于步骤(1)中选取的靶标蛋白质若已报道其具有体外活性测定方法，则在步骤(3)与步骤(5)之间要进行如下步骤(4)：天然产物混合物备选样品对靶标蛋白质的体外活性测定实验，选取对靶标蛋白质具有抑制活性的样品，这些样品称为“有抑制活性的”样品，将“有抑制活性的”样品与靶标蛋白质进行步骤(5)。

5、根据权利要求2所述的方法，其特征在于步骤(1)中，选取的靶标蛋白质为通过X射线衍射晶体学的方法解析出其三维结构的蛋白质。

6、根据权利要求2所述的方法，其特征在于所述天然产物混合物备选库的制备包括如下步骤：

(a)取一定量的初级原料，用乙醇溶液回流提取，合并提取液，浓缩得浸膏；对于微生物代谢产物的提取物制备，则是将含有适量微生物的培养液过滤，得到固体微生物菌丝体和培养液滤液，菌丝体再用丙酮溶液超声破碎，过滤，滤液浓缩得浸膏，此浸膏与培养液滤液都分别作为微生物代谢产物的提取物进行下一步的处理；

(b)称取一定量步骤(a)中所得的浸膏，用双蒸水悬浮，用有机溶剂萃取，分离有机溶剂相和水相；合并水相，备用；合并每次有机溶剂萃取物，蒸除有机溶剂，得到干膏状有机溶剂相成分，备用；

对于微生物提取物的培养液滤液部分则直接用有机溶剂萃取，合并每次有机溶剂萃取物，蒸除有机溶剂，得到干膏状有机溶剂相成分，备用；

(c)将步骤(b)中萃取后的水相部分蒸除水中溶解的少量有机溶剂，用大孔树脂柱层析分离，用水为流动相洗脱，弃去水洗部分；用乙醇溶液洗脱，将乙醇溶液洗脱部分蒸除溶剂，得干膏状样品备用；

(d)上述步骤(b)中制得的干膏状有机溶剂相部分、步骤(c)中制得的干膏状样品为天然产物混合物备选样品，构成一份初级原料所提供的天然产物混合物备选样品，所有初级原料提供的天然产物混合物备选样品即组成了本天然产物混合物备选库。

7、根据权利要求6所述的方法，其特征在于步骤(a)中，当初级原料为中药处方时，除用乙醇溶液回流提取，得浸膏外，还另取初级原料，用水煎煮，煎煮液合并，浓缩得浸膏；用乙醇溶液和水提取得到的两份浸膏，都分别作为中药处方的提取物浸膏进行下一步的处理。

8、根据权利要求7所述的方法，其特征在于步骤(a)为：取一定量的初级原料，用70％-95％乙醇回流提取，合并提取液，浓缩得浸膏；对于中药处方的提取物浸膏的制备，则按照处方中规定的药材种类和1-6倍用量组成初级原料，分别用70％-95％乙醇按上述同样的方法制得浸膏一；另外，同样则按照处方中规定的药材种类和1-6倍用量组成初级原料，用双蒸水煎煮，煎煮液合并，浓缩得浸膏二；浸膏一和浸膏二都分别作为中药处方的提取物浸膏进行下一步的处理；对于微生物代谢产物的提取物制备，则是将含有适量微生物的培养液过滤，得到固体微生物菌丝体和培养液滤液，菌丝体再用60％-90％丙酮超声破碎，过滤，滤液浓缩得浸膏，此浸膏与培养液滤液都分别作为微生物代谢产物的提取物进行下一步的处理。