[发明专利]蛋白质三维结构的预测方法

权利要求书

1.一种预测蛋白质三维结构的方法，其包括如下步骤：

1)以目标序列的第一个氨基酸作为预测的起点设定其坐标值，

2)分割目标序列，以该序列的第二个氨基酸为一个九肽片段的中央 氨基酸，即第五个氨基酸，在序列中截取九肽长度的片段，不足的部 分用空格补齐，

3)在含有九肽片段及其中央氨基酸坐标的九肽数据库中搜索与步骤 2)中所截得的片段最佳匹配的九肽片段，

4)根据搜索出的最佳匹配片段的中央氨基酸的相对坐标计算目标九 肽片段中央氨基酸的坐标，将其装配到目标蛋白上，

5)装配完成上述第二个氨基酸之后，沿目标序列移至第三个氨基酸， 并以第三个氨基酸作为下一个中央氨基酸重复进行上述步骤2)至步骤 4)的截取、搜索、装配步骤，直至最后一个氨基酸装配结束。

2.根据权利要求1所述的方法，其中作为预测起点的第一个氨基酸的 坐标值，在满足相应氨基酸各原子间相互位置关系的基础上，根据用 户需要而设定。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中搜索步骤中根据用户需要选 择各种序列比对矩阵。

4.根据权利要求1所述的方法，其中在对目标蛋白的三维结构进行预 测之前，首先根据目前可得到的所有九肽片段及其中央氨基酸的坐标， 建立数据库和索引，所述的搜索步骤在该数据库中进行。

5.根据权利要求1所述的方法，其中九肽片段及其中央氨基酸的坐标 数据库的索引是根据数据库中所有片段的中间三个氨基酸而建立的。

6.根据权利要求1所述的方法，其中对蛋白质结构的预测从蛋白质的 N端开始。

7.根据权利要求1所述的方法，其中对蛋白质结构的预测从蛋白质的 C端开始。