[发明专利]使用放大标记的测序方法

权利要求书

1.放大靶核酸分子的全部或部分序列的方法，其中一种或多种放大标记物与靶序列中的一个或多个碱基相连，其中所述标记物对应于所述靶序列中的一个或多个碱基。

2.权利要求1所述的方法，至少含有下列步骤：

a)将所述靶序列的至少一部分转变为适于结合衔接分子的形式，优选转变为单链形式；

b)使步骤a)产生的，适于结合衔接分子的所述区域的至少一部分，优选所述单链区域与衔接分子结合，所述衔接分子含有一种或多种放大标记物，或含有能结合一种或多种放大标记物的工具，所述标记物对应于所述靶序列的一个或多个碱基，优选对应于适于结合所述衔接分子的所述区域中的一个或多个碱基，所述区域优选所述单链区域，所述衔接分子与所述区域结合，或与所述区域邻近；

c)任选连接所述靶分子与所述衔接分子，使得至少所述放大标记物能与所述靶分子保持相连；

d)任选重复步骤a)，其中所产生的适于结合所述衔接子的所述区域，优选所述单链区域包括一个或多个不与根据步骤b)的放大标记物相连的碱基；

e)任选重复步骤b)至d)，所述衔接分子结合所述靶分子中与前一轮循环中衔接分子结合区相邻或重叠的区域。

3.权利要求1或2所述的方法，其中每个放大标记物对应于至少2个碱基。

4.权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述放大标记物合起来对应于至少2个碱基，优选至少4个碱基。

5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其中放大标记物链与所述分子相连，优选其含有对应于至少4个连续碱基的4个或更多个放大标记物。

6.权利要求1至5中任一项所述的方法，其中放大标记物是长度至少为2个碱基，优选10至30个碱基的核酸序列。

7.权利要求2至6中任一项所述的方法，其中将每轮步骤a)至c)循环的所述放大标记物连接在一起。

8.权利要求2至7中任一项所述的方法，其中所述衔接子含有核酸酶的识别位点，所述核酸酶具有的裂解位点与其识别位点是分开的。

9.权利要求2至8中任一项所述的方法，其中所述衔接子含有两种或多种核酸酶的识别位点，所述核酸酶具有的裂解位点与其识别位点是分开的，其中用所述核酸酶裂解会产生相邻或重叠的单链区域。

10.权利要求2至9中任一项所述的方法，其中一种以上的衔接子在步骤b)中优选与所述部分的重叠或相邻区域结合。

11.权利要求10所述的方法，其中所述衔接子与所述序列的重叠区域结合，从而可以使一种以上放大标记物与每个碱基相连。

12.权利要求2至11中任一项所述的方法，其中进行步骤c)和e)。

13.测序靶核酸分子的全部或部分的方法，其中每轮测序循环测序2个或更多个碱基，优选4个或更多个碱基，和/或将与每个碱基，或一个以上的碱基相连的信号放大。

14.权利要求13所述的测序方法，其中通过增加所述碱基在所述序列中出现的次数来放大与每个碱基相连的信号。

15.权利要求13或14所述的测序方法，其中如权利要求1至12中任一项所述，放大所述靶核酸分子序列的至少一部分，其中所述经放大的序列任选被转变为可读的信号，并通过评估产生的信号来测定所述序列。

16.权利要求15所述的方法，其中每个所述信号含有由单个信号事件组成的模式，所述事件能在每个放大标记物上产生独特的信号。

17.测序靶核酸分子的全部或部分的方法，其至少含有下列步骤：

a)测定所述核酸分子的一部分的序列；

b)测定所述部分在所述核酸分子内的位置；和

c)组合步骤a)和b)中获得的信息，得到所述分子的序列。

18.权利要求17所述的方法，其中通过参照位置标志来测定所述位置。

19.权利要求17或18所述的方法，其中通过参照所述靶分子的限制性图谱来测定所述位置。

20.权利要求17至19中任一项所述的测序方法，其中被测序的部分具有4个或更多个碱基和/或以低于1kb的精确度测定所述部分在所述靶分子中的位置。