[发明专利]杂交探针测定和阵列

说明书

本发明涉及分子之间相互作用的分析。

发明背景

单核苷酸多态性(SNP)被认作是生物功能多样化的重要原因。尽 管SNP可以具有重要的效应，但大部分的遗传多样性是在非编码DNA 序列中观察到。SNP除了在人类遗传学中的重要性以外，SNP检测在 传染病领域也至关重要。基因型分型是人乳头瘤病毒(HPV)感染的重 要指标。当今，HPV家族包括超过一百种的基因型，所述基因型可以 分成包含重要的人类病原体的不同组(de Villiers等，2004)。尤其是， 已知高危HPV型诱导宫颈癌。因此，识别这些高危型需要强有力的 诊断工具，以施行最合适的治疗。

核酸测定基于特异性DNA或RNA序列的检测。通过已标记的检 测探针可以识别目标核酸，例如从临床样品中获取的目标核酸。所述 测定法的特异性取决于目标与探针之间杂交方法的特异性。然而，SNP 的检测需要最高程度的特异性。此外，目前很多技术可用于检测SNP (例如杂交、测序和质谱分析)，但是它们无一能有效地联合高通量和 高密度的SNP筛选。然而，对此工具的需求却日渐强烈。

珠(或微珠)(例如在本文中也被称为微珠的球形珠)在多重分析中 的使用先前已在例如Dunbar SA.(Applications of Luminex^TM(R) xMAPtrade mark technology for rapid，high-throughput multiplexed nucleic acid detection(Luminex^TM(R)xMAP(商标)技术应用于快速高通 量多重核酸检测).Clin Chim Acta.2005 Aug 15)；[Epub ahead of print]， Clin Chim Acta.2006 Jan；363(1-2)：71-82.中有描述，参见 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi？cmd＝Retrieve&db＝pubme d&dopt＝Abstract&list_uids＝16102740&query_hl＝1)和Luminex^TM产品 信息和网站(www.Luminex^TMcorp.com)。Luminex^TM系统是基于珠的多 重(阵列)技术，所述技术已被证明对于分析一个样品中的多种参数或 分析物非常有效力(Dunbar等，2005)。它将结果呈递到许多生物测定格 式上，包括核酸测定、受体-配体测定、免疫测定和酶测定。

液态珠微阵列在HPV检测中的应用在Wallace J等，(Facile， comprehensive，high-throughput genotyping of human genital papillomaviruses using spectrally addressable liquid bead microarrays.” (使用光谱可寻址的液态珠微阵列对人生殖乳头瘤病毒进行方便、广 泛、高通量的基因型分型)J Mol Diagn.2005Feb；7(1)：72-80.)中描述。

虽然Luminex^TM型系统的方案与材料是已知的并被公开，并且在 Luminex网站上给出，但仍有需要对这类技术和材料予以改进。例如， 我们已经发现，使用液态珠微阵列的一些标准方案对于小目标中不同 的SNP，或者对于具有并非总在探针中间的多个点突变的系统并不有 效。Luminex通常所使用的TMAC体系也建议在给定的多重反应中固 定的探针长度。此外，TMAX有毒性并且在较高温度下不稳定。

本发明满足了改进适用于基于珠的分析系统(例如Luminex)的探 针和方案设计的要求。

发明概述

本发明涉及用于检测探针与目标核酸之间任何相互作用的方法， 所述方法包括以下步骤：

i使样品中存在的任何双链目标多核酸(polynucleic)变性；

ii在允许探针与目标之间发生特异性杂交的条件下使变性的目 标与探针杂交；