[发明专利]定向药物开发的方法和组合物

权利要求书

1.产生相对于靶标生物分子具有所需的药物活性的分子结构的方 法，包括以下步骤：

提供至少一种特异性结合于靶标生物分子的免疫系统蛋白质；

确定至少一种免疫系统蛋白质的至少一部分原子的同一性和空间 定向，其中至少一种免疫系统蛋白质的至少一部分原子与靶标生物分子 的结合部位的互相作用导致与靶标生物分子的结合部位结合；和

构建药效基团，其中药效基团包括至少一种药效基团特征的模型， 所述至少一种药效基团特征近似于至少一种免疫系统蛋白质的原子的 至少一部分同一性和空间定向，该至少一种免疫系统蛋白质特异性结合 于免疫系统蛋白质，使得药效基团结构特征与靶标生物分子的结合部位 是互补的。.

2.权利要求1的方法，进一步包括以下步骤：

使用加注解的配体分子的数据库的药效基团假设查询确定候选分 子，其中被确定的候选化合物具有实质上与至少一种药效基团特征对准 的结构。

3.权利要求2的方法，进一步包括以下步骤：

确定候选分子的对靶标生物分子的结合部位的对接亲合性；

其中对接亲合性通过以下所述定量表示：当候选分子与靶标生物分 子互相作用时获得的能量，为了实现相对于最低能量构象的对接构象所 需的能量，或其组合。

4.权利要求1的方法，其中至少一种免疫系统蛋白质具有改变靶标 生物分子的活性的能力。

5.权利要求4的方法，其中至少一种免疫系统蛋白质具有抑制靶标 生物分子的活性的能力。

6.权利要求4的方法，其中提供至少一种特异性结合于靶标生物分 子并具有改变靶标生物分子的活性的能力的免疫系统蛋白质的步骤包 括如下步骤：

提供试验，在该试验中靶标生物分子显示模拟体内活性的活性；

在该试验中将多个对靶标生物分子具有结合亲合性的免疫系统蛋 白质暴露于靶标生物分子下；和

在该试验中选择至少一种具有改变靶标生物分子的活性的能力的 免疫系统蛋白质。

7.权利要求1的方法，其中至少一种特异性结合于靶标生物分子的 免疫系统蛋白质还结合于至少一种在其部分中不同于靶标生物分子的 相关生物分子，但是其中靶标分子的结构和活性的相似的或相同的部分 被该至少一种相关生物分子所保持。

8.权利要求1的方法，其中至少一种免疫系统蛋白质是至少一种选 自以下的成员：主要组织相容性复合体，T细胞受体，β-细胞受体，和 抗体。

9.权利要求8的方法，其中至少一种免疫系统蛋白质是至少一种单 克隆抗体。

10.权利要求9的方法，其中确定至少一种单克隆抗体的至少一部 分原子的同一性和空间定向包括确定至少一种单克隆抗体的结合末梢 的至少一部分原子的同一性和空间定向。

11.权利要求10的方法，其中确定至少一种单克隆抗体的结合末梢 的实质部分的原子的同一性和空间定向。

12.权利要求1的方法，其中药效基团特征包括至少一种选自以下 的特征：疏水性，芳香性，氢键受体，氢键供体，阳离子，和阴离子。

13.权利要求1的方法，其中靶标生物分子是蛋白质。

14.权利要求13的方法，其中靶标生物分子是酶，信号蛋白，或受 体蛋白。

15.权利要求1的方法，其中靶标生物分子选自：足口病，血管紧 张素II；ErbB2；Flu凝集素；Flu血细胞凝集素；Flu神经氨酸酶；γ 干扰素；HER2；脑膜炎奈瑟氏球菌；HIV1蛋白酶；HIV-1逆转录酶； 鼻病毒；血小板纤维蛋白原受体；沙门氏菌低聚糖；TGF-α；血小板生 成素；组织因子；冯维勒布因子；VEGF；冠状病毒(SARS)；莱姆病； HIV GP120；HIV GP41；西尼罗病毒；二氢叶酸还原酶；和EGFR。

16.权利要求15的方法，其中靶标生物分子选自EGFR，VEGF， HER2，和ErbB2。