[发明专利]高通量检测生物样品中微生物的存在

权利要求书

1.测定生物样品中是否存在一种或多种特定微生物的方法，其包括：

(a)在第一场所将生物样品固定于固体基质上和/或固体基质中；

(b)将所述固定的生物样品转移至至少第二场所并在所述固体基质上进行提取步骤，以便提取固定于所述固体基质上和/或所述固体基质中的微生物DNA；

(c)对步骤(b)中提取的微生物DNA进行核酸扩增步骤，其中所述扩增步骤是扩增来自一种或多种特定微生物的至少一种高度保守的序列，且将扩增后的序列称为靶序列；

(d)将靶序列与包含在诊断性复合板(DMP)中的多种引物序列结合，其中每种引物序列都会促进靶序列的基因分型；

(e)对步骤(d)中的靶序列和所述DMP的结合物进行引物延伸反应，从而产生DMP反应产物；以及

(f)分析反应产物以测定存在的靶序列的基因型并使反应产物中的靶序列的基因型和存在于所述生物样品中的特定微生物的鉴定相关联。

2.权利要求1所述的方法，其中所述第一场所远离所述第二场所。

3.权利要求1和2所述的方法，其中微生物是致病性生物体。

4.上述任一项权利要求所述的方法，其中所述生物样品包含组成如下的组中的至少一种：尿液、唾液、血液、痰、精液、排泄物、鼻拭样、泪液、阴道拭样、直肠拭样、子宫颈涂片、组织活检以及尿道拭样。

5.上述任一项权利要求所述的方法，其中在第一场所将所述生物样品固定于固体基质上和/或固体基质中，并在所述固体基质上进行提取步骤以便在第二场所提取固定于所述固体基质上和/或固体基质中的微生物DNA。

6.权利要求5所述的方法，其中所述固体基质包含浸有一种或多种试剂的有吸收能力的纤维材料，所述的一种或多种试剂的作用是固定和失活存在于生物样品中的微生物。

7.权利要求6所述的方法，其中所述固体基质包含选自含纤维素的纸、微纤维膜、玻璃纤维材料、聚纤维材料、织物和无纺布的材料。

8.权利要求6和7所述的方法，其中所述固体基质包含Whatman或WhatmanElute试剂。

9.权利要求6和7所述的方法，其中所述固体基质包括WhatmanElute纸。

10.上述任一项权利要求所述的方法，其中所述特定微生物选自下组中的一种或多种：细菌、真菌、病毒和原生动物。

11.权利要求10所述的方法，其中所述特定微生物包括一种或多种感染性致病微生物。

12.权利要求11所述的方法，其中所述一种或多种致病微生物包括引起选自下组中的一种或多种疾病的人病原体：性传播感染、食物中毒、肺结核、病毒诱发性癌症、脑炎、疟疾、肝炎、脑膜炎、利什曼病、非洲锥虫病、肺炎、瘟疫、SARS、MRSA、狂犬病、炭疽、裂谷热、兔热病、志贺氏菌病、肉毒中毒、黄热病、Q热、伊波拉病、登革热、西尼罗河热、痢疾、流感、麻疹和斑疹伤寒症。

13.权利要求10-12中任一项所述的方法，其中所述细菌选自以下组成的组：支原体属、衣原体属、脲原体属、奈瑟氏菌属、加德纳氏菌属、毛滴虫属以及密螺旋体。

14.权利要求10-13中任一项所述的方法，其中酵母包括白色念珠菌。

15.权利要求10-14中任一项所述的方法，其中所述病毒选自组成如下的组：细胞肥大病毒(CMV)、甲型肝炎病毒(HAV)、乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)、戊型肝炎病毒(HEV)、庚型肝炎和GB病毒(hepatitis G andGB virus，GBV-C)、人免疫缺陷病毒(HIV)、人类乳头瘤病毒(HPV)、单纯性疱疹病毒(HSV)、传染性软疣病毒(MCV)、流感病毒、埃巴氏病毒(EBV)和水痘带状疱疹病毒(VZV)。

16.上述任一项权利要求所述的方法，其中所述DMP是针对来自可能存在于所述生物样品中的微生物组合的等位基因的鉴定，其中所述的组合包括细菌、病毒和真菌。

17.权利要求16所述的方法，其中所述微生物是所有病原体。

18.权利要求16或17所述的方法，其中所述DMP是针对与某种疾病有关的微生物的鉴定。