[发明专利]DNA阵列上的高通量基因组测序

权利要求书

1.一种测定多核苷酸序列信息的方法，包括：

(a)提供阵列化于基片上的多个多联体，其中每个多联体包含多个拷贝 的单体单位，每个单体单位包括：

(i)所述多核苷酸的第一靶标序列；

(ii)所述多核苷酸的第二靶标序列，其中所述第一靶标序列和第二靶标 序列曾是所述多核苷酸的连续区段；

(iii)插入所述第一靶标序列和第二靶标序列之间的散在衔接头，其中 所述散在衔接头包含邻近于所述第一靶标序列的第一探针杂交位点和邻近 于所述第二靶标序列的第二探针杂交位点；

(b)在一个或多个阵列化的多联体中鉴定第一靶标序列的一个或多个核 苷酸和第二靶标序列的一个或多个核苷酸。

2.权利要求1的方法，其中所述散在衔接头包含限制性内切核酸酶的 识别位点，所述限制性内切核酸酶在其识别位点的外面切割，并在切割后 留下单链突出端。

3.权利要求2的方法，其中所述识别位点是IIs型限制性内切核酸酶识 别位点。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其中步骤(b)中鉴定第一靶标序列的 中核苷酸包括使第一探针杂交到所述散在衔接头中的所述第一探针杂交位 点。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其中步骤(b)中鉴定第二靶标序列的 中核苷酸包括使第二探针杂交到所述散在衔接头中的所述第二探针杂交位 点。

6.权利要求4或权利要求5的方法，其中所述鉴定包含：

(i)将锚探针杂交到所述第一或第二探针杂交位点；

(ii)将测序探针杂交到邻近所述杂交的锚探针的靶标序列；然后

(iii)将所述测序探针和所述锚探针连接；并

(iv)检测所述连接的探针以鉴定邻近的靶标序列中的所述核苷酸。

7.权利要求4或权利要求5的方法，其中所述鉴定包含：

(i)将锚探针杂交到所述第一或第二探针杂交位点；

(ii)在这样的条件下添加聚合酶和至少一种包含标记的dNTP，在所述 条件下，如果所述dNTP是与所述第一靶标序列中的检测位置完全互补的， 则所述dNTP被添加到所述锚探针；并且

(iii)鉴定所述第一靶标序列中与添加到锚探针的检测位置处的标记的 dNTP互补的核苷酸。

8.权利要求6或权利要求7的方法，其中将鉴定步骤重复多次以鉴定 被询问的靶标序列的多个核苷酸。

9.权利要求1-8中任一项的方法，其中测序探针包含询问序列，所述 询问序列具有至少一个与所述探针上的特异性可检测标记相关的独特碱 基。

10.权利要求9的方法，其中所述可检测标记包含荧光团。

11.权利要求1-10中任一项的方法，其中每个单体单位进一步包含：

(1)所述多核苷酸的第三靶标序列；

(2)插入所述第二靶标序列和所述第三靶标序列之间的第二散在衔接 头，其中所述第二散在衔接头包含第三探针杂交位点和第四探针杂交位点。

12.权利要求11的方法，其中所述方法进一步包括鉴定所述第二靶标 序列的第二核苷酸以及鉴定所述第三靶标序列的核苷酸。