[发明专利]可检测的核酸标签

说明书

发明领域

本发明提供的主题涉及与感兴趣的蛋白连接，或者能够与感兴趣的蛋白连接的核 酸标签。具体的，本发明提供的主题涉及包含报告子功能和蛋白标记功能的寡核苷酸。本发 明还提供核酸标签组合物、试剂盒及其使用方法。

发明背景

定量和检测蛋白存在的传统技术包括凝胶电泳、Western印迹、基于ELISA的免疫 吸附检测和蛋白质微阵列。每种此类方法都是繁琐并且难以适用于高通量用途。这些传统 方法还存在检测灵敏度和特异性的限制。本发明提供了核酸标签，以及利用所述核酸标签 的新的、高灵敏度和选择性的蛋白质检测方法。

发明简述

本发明提供了与蛋白连接，或者能够与蛋白连接的核酸标签，其允许高灵敏度地 检测蛋白质。在一实施方案中，所述核酸标签是具有报告子功能和蛋白标记功能的寡核苷 酸。在一实施方案中，所述寡核苷酸(寡聚物)是包括第一核酸序列和第二核酸序列的寡核 苷酸，所述第一核酸序列是PCR探针可识别的PCR扩增序列(扩增子)，所述第二核酸序列共 价连接、非共价连接、形成复合体或者以其它方式结合(例如：结合或能够结合)感兴趣的 蛋白。在某些实施方案中，所述扩增子是随机产生的、非天然存在的PCR扩增序列。在一实施 方案中，所述第一核酸序列和/或第二核酸序列不是活生物体内源性的。在其它实施方案 中，第一核酸序列和/或第二核酸序列是活生物体内源性的。在某些实施方案中，所述第一 核酸序列和所述第二核酸序列是异源的。如本发明使用的，如果两条核酸序列是“异源的”， 是指一般不同时发现第一和第二核酸序列。例如，在某些实施方案中，所述第一和第二核酸 序列不编码相同的蛋白和/或不是来自相同的生物体。在某些实施方案中，所述第一核酸序 列是天然存在的序列，并且所述第二核酸序列也是天然存在的序列，其中第一和第二序列 不同。在特定的实施方案中，所述第一核酸序列是这样的核酸序列，例如合成的和/或随机 产生的核酸序列，例如非天然存在的序列(例如：区别于任何天然存在的序列的序列)。在某 些实施方案中，所述第一核酸序列是这样的核酸序列，例如合成的和/或随机产生的核酸序 列，其不是在例如本发明提供的筛选检测所使用的感兴趣的蛋白、融合蛋白、核酸相互作用 基序、和/或载体中发现的序列。在一些实施方案中，所述第一核酸序列是这样的核酸序列， 例如合成的和/或随机产生的核酸序列，其不存在于人的着丝粒中，例如当核酸标签用于本 发明提供的激酶检测中(或者用于给定检测中的任何其它核苷酸序列)。这些实施方案保证 了，例如，用于后续PCR扩增的引物不与第二DNA序列和/或任何其它(例如天然存在的)DNA 序列，如那些在给定检测中使用的序列发生交叉反应或错配。在某些实施方案中，每种PCR 模板都各不相同，因而，例如当在本发明提供的多重检测中使用时，模板间不存在引物交叉 反应的机会。

在另一实施方案中，所述寡核苷酸包括第一核酸序列和第二核酸序列，所述第一 核酸序列包含PCR扩增序列，所述第二核酸序列包含作为靶序列结合核酸相互作用基序的 核酸序列。在一实例中，靶序列是天然存在的或者合成的DNA结合蛋白的识别序列。在特定 的实施方案中，包含PCR扩增序列的第一核酸序列与包含核酸相互作用基序的第二核酸序 列是分离且不相同的。在此类实施方案中，所述核酸标签能够结合或者连接感兴趣的蛋白， 所述感兴趣的蛋白具有特异识别核酸标签的DNA结合组件。然后，可以利用如定量PCR (qPCR)检测和/或定量核酸标签。通过qPCR的核酸标签检测不仅具有作为可靠的定量检测 方法的优点，而且还具有高灵敏和高选择性检测方法的优点。由于qPCR检测方法的高灵敏 的性质，该方法能够检测极小量的靶蛋白，并降低对稀少和昂贵检测组分，例如重组蛋白的 需求。由于qPCR检测方法的高特异性的性质，qPCR还能够检测复杂的异源混合物中的特定 DNA序列，并且避免需要一般处理蛋白质样品的任何类型的纯化步骤来改善或增强蛋白质 检测。