[发明专利]病毒抑制性核苷酸序列和疫苗

说明书

[001]本文中提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考资 料以其全文通过引用合并入本文。

本发明是在通过美国能源部项目U.S.DE-FG02-90ER40542的政府 支持下完成。因此，美国政府具有本发明的某些权利。

发明背景

[002]慢病毒属于病毒的逆转录病毒家族。术语“lenti”是“慢” 的拉丁文。慢病毒的特征在于具有长潜伏期和直接感染邻近细胞而不 必形成细胞外颗粒。它们的慢速周转(turnover)，加上它们在细胞 内长期保持的能力，使慢病毒特别善于逃避被感染的受试者的免疫反 应。慢病毒包括免疫缺陷病毒，例如人免疫缺陷症病毒(HIV)、猿猴免 疫缺陷病毒(SIV)、猫免疫缺损病毒(FIV)和马感染性贫血病毒(equine infectious anemia viruses，EIAV)。慢病毒感染可引起严重的疾病， 并且，如果不进行治疗，可以是致命的。在最近几年，已开发了减少 病毒载量和改善HIV感染的症状的几种抗逆转录病毒药物和药物混合 物。然而，尽管它们是成功的，但这些药物通常不能全根除病毒感染。 相反，病毒通常以潜伏存留在被感染的受试者中。也已经进行许多产 生抗慢病毒疾病例如HIV的疫苗的努力。然而，迄今为止，还没有可 商购获得的疫苗。因此，在本领域需要开发抗慢病毒例如HIV的新型 药物和疫苗。

发明概述

[003]本发明提供了与人基因组中的相对照的基因相比在HIV 病毒的基因组中过度出现(over-represented)的三核苷酸序列基序 AGG。AGG基序也以高水平存在于其他病毒的基因组中。据认为AGG基 序是抑制性核苷酸信号序列或和“INS”序列。

[004]在一个实施方案中，本发明涉及已进行了突变从而将一个 或多个AGG序列改变成非AGG序列的病毒核酸。在一些实施方案中， 病毒核酸来自HIV病毒。在其他实施方案中，已进行了突变从而将一 个或多个AGG序列改变成非AGG序列的病毒核酸存在于gag、pol或 env基因中。

[005]在另一个实施方案中，本发明涉及产生具有一个或多个已 突变的AGG的病毒核酸的方法，该方法包括提供包含一个或多个AGG 序列的病毒核酸和将一个或多个AGG序列改变成非AGG序列。AGG序 列可位于或来源于病毒基因组的任何位置，包括编码和非编码区。在 另一个实施方案中，如果AGG序列位于编码蛋白质的病毒核酸的区域， 选择由AGG序列改变成的非AGG序列以使其不会不利地影响由所述病 毒核酸编码的蛋白质的序列、结构、功能或免疫原性。在其他实施方 案中，病毒核酸是HIV核酸。

[006]在另一方面，本发明涉及具有已进行了突变从而将一个或 多个AGG序列改变成非AGG序列的基因组的突变病毒。在一些实施方 案中，突变病毒是突变的HIV病毒。

[007]在另一个实施方案中，本发明涉及不为病毒但包含已进行 了突变从而将一个或多个AGG序列改变成非AGG序列的病毒核酸序列 的重组病毒。在另一个实施方案中，突变病毒核酸是突变HIV核酸。

[008]在另外的实施方案中，本发明涉及从突变病毒核酸序列表 达的病毒蛋白质，所述突变病毒核酸序列已进行了突变从而将一个或 多个AGG序列改变成非AGG序列。在另一个实施方案中，本发明涉及 从已进行了突变从而将一个或多个AGG序列改变成非AGG序列的突变 HIV核酸序列表达的HIV蛋白质。

[009]在另一个实施方案中，本发明涉及包含已进行了突变从而 将一个或多个AGG序列改变成非AGG序列的病毒核酸序列的病毒疫苗。 在另一个实施方案中，本发明涉及HIV疫苗，所述HIV疫苗包含进行 了突变从而将一个或多个AGG序列改变成非AGG序列的HIV核酸序列。

[010]在另一个实施方案中，本发明涉及病毒疫苗，所述疫苗包 含任意上述病毒核酸序列，其中包括具有比在天然病毒的核酸序列中 发现的更少的AGG基序的病毒核酸序列。在另一个实施方案中，本发 明涉及HIV疫苗，所述HIV疫苗包含具有比在相应的天然HIV株系的 核酸序列中发现的更少的AGG基序的HIV核酸序列