[发明专利]与肝细胞癌相关的乙型肝炎病毒基因组标志物

说明书

发明背景

在世界范围内，有超过3亿人感染乙肝病毒(HBV)。对那些具有高度病毒复制水平的个体来说，由慢性活动型肝炎发展为肝硬化，肝衰竭和肝细胞癌(HCC)是常见的。

慢性HBV感染超过10至20年的自然进程导致20％至50％的患者出现肝硬化，并已证明HBV感染能够发展为肝细胞癌。目前没有关于确定究竟何种乙肝病毒亚型最易诱发肝细胞癌的任何研究，因此至今认为所有的乙肝病毒都具有相同的肝细胞癌形成危险。

值得注意的是，从初次诊断算起，诊断患有肝细胞癌的患者存活期仅有0.9至12.8个月(Takahashi et al.，American Journal of Gastroenterology88：240-243(1993))。采用化疗的方法对肝细胞癌进行治疗的收效甚微，由于在肝中肿瘤的广泛扩散(Trinchet et al.，Presse Medicine 23：831-833(1994))，仅有10％的患者可从手术中获益。因原发肝细胞癌的侵入特性，手术治疗中唯一可行的选择是肝移植(Pichlmayr et al.，Hepatology20：33S-40S(1994))。

发明内容

本发明提供了确定感染乙型肝炎病毒(HBV)个体发展成为肝细胞癌(HCC)遗传素因的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：

(a)确定分离自所述个体的HBV基因组中对应于SEQ ID NO：1中核苷酸第31，53，312，799，961，1165，1499，1613，1762，1764，1899，2170，2441，2525和/或2712位的核苷酸；及

(b)将确定的核苷酸和HCC遗传素因相关的核苷酸进行比较，其中所述HCC遗传素因相关的核苷酸包括：31C，53C，312C，799G，961G，1165T，1499G，1613A，1762T，1764A，1899A，2170C，2170G，2441C，2525C，2712C，2712A和/或2712G。

在一些实施方案中，所述方法包括：

(a)确定分离自所述个体的B基因型HBV基因组中对应于SEQ IDNO：1中核苷酸第1165，1762，1764，2525或2712位的核苷酸；及

(b)将确定的核苷酸和HCC遗传素因相关的核苷酸进行比较，其中HCC遗传素因相关的核苷酸包括：1165T，1762T，1764A，2525C，2712C，2712A或2712G。

在一些实施方案中，所述方法包括：

(a)确定分离自个体的B基因型HBV基因组中对应于SEQ ID NO：1中核苷酸第1165，1762，1764，2525和2712位的核苷酸；及

(b)将确定的核苷酸和HCC遗传素因相关的核苷酸进行比较，其中在B基因型中与HCC遗传素因相关的核苷酸包括：

1762T和1764A和2712A；或

1762T和1764A和2712C；或

1762T和1764A和2712G；或

1762T和1764A和2712T和2525C；或

1762A和1764G和1165T。

在一些实施方案中，所述方法包括确定来自所述个体HBV的基因型。

在一些实施方案中，所述确定步骤包括对侧翼连接有对应于SEQ IDNO：1中核苷酸第1165，1762，1764，2525和2712位的核苷酸的HBV基因组进行核苷酸测序。

在一些实施方案中，所述确定步骤包括对至少HBV基因组的部分进行扩增，以产生一种或更多种包括有对应于SEQ ID NO：1中核苷酸第1165，1762，1764，2525和2712位核苷酸的扩增产物。在一些实施方案中，所述方法包括将所述一种或更多种扩增产物与一种或更多种能与HCC相关核苷酸杂交的探针相接触，只有在所述扩增产物在HCC相关核苷酸位置含有互补核苷酸的条件下，所述探针与所述扩增产物才能进行杂交，所述相关核苷酸为：

1762T和1764A和2712A；或

1762T和1764A和2712C；或

1762T和1764A和2712G；或

1762T和1764A和2712T和2525C；或

1762A和1764G和1165T。

在一些实施方案中，所述杂交是通过线性探针进行的。

在一些实施方案中，所述方法包括：

(a)确定分离自所述个体的C基因型HBV基因组中对应于核苷酸第31，53，312，799，961，1499，1613，1899，2170或2441位的核苷酸；及