[发明专利]一个人类睾丸特异表达的新基因septin12 transcript variant 2

说明书

技术领域：

本发明涉及人类基因，具体是克隆了一个人类睾丸特异表达的新基因septin12 transcript variant 2，明确了它在人体多种组织，不同发育阶段睾丸组织中的表达谱，初步探明了该基因的功能。

背景技术：

人类基因组的全部基因在一个细胞内并非全部表达，正常情况下仅有15％的基因表现转录mRNA的活性。在所有细胞类型中都表达的基因，称之为管家基因(house-keeping gene)，这类基因是维持细胞基本功能必需的基因；而在不同的细胞类型中进行特异性表达的基因称之为组织特异性表达基因(tissue-specific gene)或奢侈基因(luxury gene)，这类基因是在各种组织中选择性表达的基因，其表达影响特定组织的分化、发育、成熟和调亡，决定不同组织特异的形态结构和生理功能。

组织特异性基因是决定不同组织结构和功能的关键基因，因此寻找组织特异性基因具有重要的意义。不同组织或细胞差异表达基因研究的方法有：1.mRNA差异显示技术，包括差异显示反转录PCR(DDRT-PCR)、限制性酶切片段差异显示(RFDD-PCR)；2.消减杂交，以抑制性消减杂交(SSH)和代表性差异分析(RDA)为代表；3.基因表达连续性分析(SAGE)；4.DNA微阵列(DNAmicroarray)，即基因芯片等技术。通过以上几种方法寻找器官或组织特异性基因实验繁琐、技术要求高、周期长、花费大。近年来随着生物信息学的飞速发展，一种新的差异表达基因研究的方法：数据库消减杂交(Digital Differential Display，DDD)出现了，DDD软件可比较不同组织来源的两个或多个EST文库，找出显著差异表达的克隆重叠群(EST簇)，从而发现器官或组织特异性表达基因。数据库消减杂交以网络上免费的EST数据库为实验对象，以DDD软件为研究工具，具有快速、高效、简便、费用低廉等优点。运用数据库消减杂交筛选组织特异性表达新基因已成为生物信息学研究的热点，近年来研究者利用该方法寻找新的生精相关基因取得了丰硕的成果，如睾丸特异表达基因SRG5、SRG8和SPATA11均是通过数据库消减杂交方法发现的新基因。

发明内容：

本发明的目的在于克隆一个人类睾丸特异表达的新基因septin 12 transcriptvariant 2，并分析它在人体多种组织，不同发育阶段睾丸组织中的表达情况，探索其在睾丸生精过程中的功能，进而开发治疗男性不育症的基因药物。

进入美国NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)的Unigene数据库，找到DDD程序。将8个人类睾丸组织来源的cDNA序列文库作为检测子(pool A)，119个人类其它组织或细胞株来源的cDNA序列文库作为驱赶子(pool B)，以差异≥10倍作为筛选标准，运行DDD程序，获得在人类睾丸组织中显著高表达并代表新基因的克隆重叠群(contig)Hs.126780，其中包含39条ESTs，将这些ESTs进行匹配、拼接、延伸后获得一较长的cDNA片段。

从拼接获得的cDNA片段出发，利用Blast程序(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/)检索人类EST和nr基因数据库，将相似序列进行匹配、拼接、延伸，获得受人类基因组图谱支持的新基因cDNA全长序列。全长序列为1524bp，包含1077bp(265～1341)的开放阅读框，起始密码子ATG位于265～267bp，终止密码子TGA位于1339～1341bp，在起始密码子ATG的5’端有一同相位的终止密码子TAA，3’端有一加尾信号AATAAA。新基因有10个外显子，9个内含子，基因组跨越10.9kb，外显子和内含子交界符合典型的GT/AG规则。新基因定位于16p13.3，经人类基因命名委员会(HGNC)命名为：septin 12 transcriptvariant 2(SEPT12)，GenBank登陆号：EF620906.1。