[发明专利]一种多基因疾病遗传风险综合评估方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种多基因疾病遗传风险综合评估方法，可用于2个及2个以上遗传风险因素，每个遗传因素可包含2个及两个以上基因型的遗传风险综合评估方法，属于分子生物学技术领域。

背景技术

随着人类基因组工程对人类全基因组测序的完成，科学家对人类基因的总数、功能以及多态性位点有了进一步的认识。目前发现的基因多态类型主要为DNA上的SNP(单核苷酸多态性)、碱基的插入缺失、小卫星片段的重复多态等。这些基因位点的多态性被认为可以用于疾病相关位点的初筛和疾病发生风险的评估。

多基因病是由多个基因与环境因子共同作用所引起的遗传性疾病。多基因病包括的范围很广，遗传规律不服从孟德尔式遗传。多基因病包括两种情况：由一个主基因和其他基因加上环境因子共同作用所引起；由相当多的微效基因共同参与加上环境因子引起。人类常见的重大疾病基本上都可以归纳到多基因病中，如严重危害人类健康的心脑血管疾病、糖尿病、癌症等均属于多基因病。

近年来，利用先进的全基因组关联分析研究确定普通的遗传因素对健康和疾病的影响为个体多基因疾病的遗传风险的评估提供了大量可靠的科学依据。全基因组相关遗传信息结合临床以及其它显型数据为更好的理解基本生物学过程对人类健康的影响提供了可能；同时，推动了疾病发生的预报和疾病治疗手段的进步，并将在根本上实现真正的个性化医疗。另外，不同类型人类基因多态性的认识加深以及成熟的高通量、低成本基因分型技术和设备的飞速发展为研究基因多态性与健康和疾病的相关性做出了巨大贡献。越来越多的基因多态现象现在被确定与心脏疾病、乳腺癌、青光眼、多发性硬化、风湿性关节炎等多基因疾病有显著相关性。然而，这些研究成果被真正运用到个体多基因疾病遗传风险评估时却遇到两个问题：一是基于群体的分子流行病学研究成果如何转化为个体评估结果；二是如何对个体携带的多个遗传风险因素进行综合评估并确定在人群中相应的风险等级。本发明将介绍一种可以解决以上两个问题的，把近年来大量的群体分子流行病学研究成果转化为个体多基因疾病遗传风险评估的方法。

发明内容

本发明的目的是提供一种多基因疾病遗传风险综合评估方法。

为实现以上目的，本发明的技术方案是提供一种多基因疾病遗传风险综合评估方法，其特征在于，其方法为：

步骤1，进行特定多基因疾病在特定人群中遗传风险因素的筛选

利用病例-对照关联分析方法，采用卡方检验或Fisher精确概率法，可信区间CI取95％，显著性差异取p＜0.05，对与特定多基因疾病在特定人群中遗传风险因素的筛选；

步骤2，确定各遗传风险因素对于特定多基因疾病的风险度

采用大样本分子流行病学研究成果中的数据，利用网上SPSS统计学软件计算相对危险度OR，CI取95％，p)作为各风险因素的风险度；

步骤3，确定各多态性基因型位点的基因型在特定人群众的频率

利用NCBI、HapMap数据库资源，确定以上选定的遗传风险因素，相关多态性位点的基因型，在特定人群中的参考分布频率；

其特征在于：

步骤四，建立评估模型，从遗传角度评估个体多基因疾病的风险等级；

根据以上步骤，将筛选出的基因多态性位点，每个基因多态性位点所包含的基因型，以及每个基因型在特定人群中的频率以及针对该基因型疾病的风险度信息编制下表，总位点数N＞＝2，每个位点的亚型数M＞＝2

基因多态性位点是通过步骤一确定的与某一多基因疾病有显著相关性的基因位点，挑选了N个位点，表中以位点1、位点2、位点N表示；基因型是这些位点在人群中出现的M种亚型，表中以亚型1、亚型2、亚型M代替；参考频率是根据步骤三确定的这些亚型在中国人群中各自所占的比例；风险度是根据步骤二确定的不同基因型对于该多基因疾病的相对风险度；