[发明专利]一种检测DNA单核苷酸多态性的方法

权利要求书

1.一种DNA单核苷酸多态性的检测方法，依次包括以下步骤：

1)以待测样本的DNA为模板进行PCR扩增，并用荧光物质标记待测样本的DNA；

2)通过所述荧光物质与下述式(I)的化合物荧光共振能量转移情况确定所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点的核苷酸；所述荧光物质的吸收光谱与所述式(I)的化合物发射光谱有较好的重叠，光谱重叠积分范围为1.0×10^-15～3.0×10^-13M^-1cm³；

式(I)中，R代表链端含有四级胺的直链或支链的烷基，所述烷基的主链长为2-12个碳，X代表卤素；

所述式(I)化合物的数均分子量为5000-100000。

2.如权利要求1所述的方法，其特征为：所述式(I)中，R为6-三甲胺基己基、6-三乙胺基己基、5-三甲胺基戊基、5-三乙胺基戊基、4-三甲胺基丁基、4-三乙胺基丁基、3-三甲胺基丙基和3-三乙胺基丙基中的任意一种。

3.如权利要求1所述的方法，其特征为：所述式(I)中，X为氯、溴和碘中的任意一种。

4.如权利要求1至3中任一所述的方法，其特征为：所述用荧光物质标记步骤1)的DNA的方法为：用荧光物质标记的dNTP或ddNTP对PCR扩增产物进行单碱基延伸；所述dNTP或ddNTP为与所述目标单核苷酸多态位点的核苷酸相邻的一个核苷酸互补的dNTP或ddNTP。

5.如权利要求4所述的方法，其特征为：所述单碱基延伸中，所用的引物有两种：野生型特异性引物和突变型特异性引物；所述野生型特异性引物的末端核苷酸与所述目标单核苷酸多态位点的野生型核苷酸互补；所述突变型特异性引物的末端核苷酸与所述目标单核苷酸多态位点的突变型核苷酸互补；所述引物能与目标单核苷酸多态位点相邻20-25bp的序列互补。

6.如权利要求5所述的方法，其特征为：确定所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点核苷酸的方法为：若只在使用野生型特异性引物时出现荧光共振能量转移，则所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点的核苷酸为野生纯合型；若只在使用突变型特异性引物时出现荧光共振能量转移，则所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点的核苷酸为突变纯合型；若使用两种引物都出现荧光共振能量转移，则所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点的核苷酸为杂合型。

7.如权利要求1至3中任一所述的方法，其特征为：所述用荧光物质标记步骤1)的DNA的方法为：用荧光物质A标记与所述目标单核苷酸多态位点的野生型核苷酸互补的dNTP或ddNTP，用荧光物质B标记与所述目标单核苷酸多态位点的突变型核苷酸的互补dNTP或ddNTP，用所述荧光物质A标记的dNTP或ddNTP和荧光物质B标记的dNTP或ddNTP同时对PCR扩增产物进行单碱基延伸；

在同一激发光的作用下，所述荧光物质A和所述荧光物质B产生的荧光的波长至少相差40nm。

8.如权利要求7所述的方法，其特征为：所述单碱基延伸中，所用的引物能与所述目标单核苷酸多态位点相邻(上游或下游)20-25bp的序列互补。

9.如权利要求7或8所述的方法，其特征为：确定所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点核苷酸的方法为：若单独出现PFP到荧光物质A的荧光共振能量转移，则所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点的核苷酸为野生纯合型；若单独出现PFP到荧光物质B的荧光共振能量转移，则所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点的核苷酸为突变纯合型；若两种荧光共振能量转移都出现，则所述待测DNA的目标单核苷酸多态位点的核苷酸为杂合型。

10.如权利要求1-9中任一所述的方法，其特征在于：所述荧光物质为荧光素、罗丹明、溴乙啶、Cy3或Cy5。