[发明专利]一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法

权利要求书

1.一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法，其特征在于包括如下步骤：

a)精选天然氨基酸的1369种多维变量参数，包括构成特征、官能团数目、原子中心碎片、分子特性、分子电性作用矢量、分子电距矢量、全息分子电距矢量、拓扑、拓扑电荷指数、运转和路径数目、边缘邻接指数、Burden特征值、自相关、连接性指数、信息指数、特征值指数、Randic分子剖面、几何特征、基于不同原子间距的径向基函数特征、基于电衍射法的分子结构表征参数、加权整体不变分子的特征及几何、拓扑与原子重量的集合参数，基于主成分分析方法，建立氨基酸多维信息得分矢量；

b)应用氨基酸多维信息得分矢量对人免疫缺陷病毒蛋白酶可裂解肽与非裂解肽的结构进行表征；

c)用逐步方法挑选与肽裂解密切相关的性质参数；

d)应用线性判别分析方法建立裂解位点预测及特异性分析模型；

e)分别以自取代检验，留一法交互检验以及外部检验验证模型的预测能力；

f)对人免疫缺陷病毒蛋白酶可裂解肽与非裂解肽的各位点的性质参数进行方差分析。

2.根据权利要求1的一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法，其特征在于步骤a)具体包括如下步骤：

a1)精选天然氨基酸的1369种多维变量参数，包括构成特征、官能团数目、原子中心碎片、分子特性、分子电性作用矢量、分子电距矢量、全息分子电距矢量、拓扑、拓扑电荷指数、运转和路径数目、边缘邻接指数、Burden特征值、自相关、连接性指数、信息指数、特征值指数、Randic分子剖面、几何特征、基于不同原子间距的径向基函数特征、基于电衍射法的分子结构表征参数、加权整体不变分子的特征及几何、拓扑与原子重量的集合参数；

a2)用主成分分析法处理精选得到的氨基酸变量参数，得到13个主成分；

a3)计算各主成分得分，将得分矢量定义为氨基酸多维信息得分矢量。

3.根据权利要求2的一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法，其特征在于步骤b)具体包括：用氨基酸多维信息得分矢量所涉及的13个主成分对人免疫缺陷病毒蛋白酶可裂解肽与非裂解肽的序列进行表征，其中每个氨基酸残基用13个氨基酸多维信息得分矢量表征，并将表征结果作为裂解位点预测模型的自变量。

4.根据权利要求3的一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法，其特征在于步骤c)具体包括：用逐步方法挑选与肽裂解密切相关的结构性质参数，以偏F检验对应的F值为依据，当F值大于3.84时，则该变量留在模型中，当该变量对应F值小于2.71时，则剔除该变量。

5.根据权利要求4的一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法，其特征在于步骤d)具体包括如下步骤：首先定义两个指示变量，分别用“1”表示可裂解肽样本，用“2”表示非裂解肽样本，以此指示变量作为肽裂解位点预测模型的因变量，用线性判别分析方法建立肽裂解位点预测模型。

6.根据权利要求5的一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法，其特征在于步骤e)具体包括如下步骤：先将肽总样本分为训练集和测试集，然后用自取代检验，留一法交互检验、外部检验验证模型的预测能力。

7.根据权利要求1至6中任一项的一种人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测及特异性分析方法，其特征在于步骤f)具体包括如下步骤：将肽总样本按照其是否可裂解分为两类，对肽各位点的性质参数进行方差齐性检验，对属于方差齐性的，进行费歇尔检验，对不属于方差齐性的，使用布朗-菲奥思近似方差分析，显著水平为P＝0.05。