[发明专利]扬子鳄微卫星DNA标记

说明书

技术领域

本发明涉及一种分子标记技术，特别涉及一种扬子鳄微卫星DNA遗传标记。

背景技术

微卫星DNA又称为短串连重复序列(STR)、简单重复序列(SSR)、简单序列长度多态性(SSLP)，是指基因组中以1-6个核苷酸为单位串联重复组成的核苷酸序列；其中，最常见的是双核苷酸重复是(AC/TG)n、(AG/TC)n。不同的生物个体由于重复单元的重复次数不同而显示出多态性。研究表明，可能是DNA复制过程中的“链滑”(strand slippage)现象造成微卫星DNA多态性信息容量(polymorphic information content，PIC)较高。微卫星DNA的高突变性、共显性表达及其在真核生物基因组中的普遍性，使其成为种群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析和图谱构建的优越的分子标记，与等位酶、RAPD等方法相比也有一定的优越性。由于微卫星具有数量多、在基因组内分布均匀、多态性信息丰富、易于检测等优点被作为优良的遗传标记(genetic marker)而得到广泛应用。根据重复单元的构成与分布，微卫星DNA序列被分为三种类型：单一型(pure)，复合型(compound)，间断型(interrupted)，例如：

单一型：CACACACACACACACACACA

复合型：CACACACACACAGAGAGAGA

间断型：CACATTCACACATTCATTCA

扬子鳄，又称鼍，俗称猪婆龙、土龙，英文名Chinese alligator，拉丁文名(Alligator sinensis)，主要分布在长江中下游地区，是中国特有的一种鳄，亦是世界上体型最小的鳄品种之一。它既是古老的，又是现在生存数量非常稀少、世界上濒临灭绝的爬行动物。在扬子鳄身上，至今还可以找到早先恐龙类爬行动物的许多特征。因此，人们称扬子鳄为“活化石”。因此，扬子鳄对于人们研究古代爬行动物的兴衰和研究古地质学和生物的进化，都有重要意义。已有学者采用不同的分子标记技术(包括线粒体控制区、AFLP、RAPD等)对扬子鳄的遗传多样性进行研究，但是上述遗传标记不能提供足够的遗传信息，如Wang等，2003：D-loop sequence variation of mitochondrial DNA in captiveChinese alligator.Acta Genetic Sinica，30，425-430；Wu等，2002：Geneticvariation in captive population of Chinese alligator，Alligator sinensis，revealed by random amplified polymorphic DNA(RAPD).BiologicalConservation，106，435-441；Yan等，2006：AFLP analysis of geneticvariation on captive-bred Chinese alligators:an application to selectindividuals for release.Zoo Biology，25(6)，479-490。为了进一步解决扬子鳄的种群内遗传变异和种群间的遗传分化，需要开发新的分子遗传标记。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于：分离克隆扬子鳄微卫星DNA标记，建立扬子鳄微卫星DNA的技术体系并利用这些分子标记进行扬子鳄的分类、遗传关系的分析。