[发明专利]检测BCRP基因中G34A和C421A两个位点基因型的方法

说明书

发明领域

本发明涉及利用荧光定量PCR的方法测定人类乳腺癌耐药蛋白(BCRP)基因中G34A和C421A两个位点基因型的方法。

发明背景

作为“第三代DNA遗传标记”的单核苷酸多态性标记SNP(singlenucleotide Poly＝rphisms，SNP)具有位点丰富、具代表性、遗传稳定性和分析自动化的等特点，是研究药物基因组学的分子基础。人类基因序列的变异大多数是SNP，但在不同的人群中SNP的分布存在差异，这些差异可以代表某一种族或某人群间的遗传变异.因此，研究SNP有助于解释个体的表型差异、不同群体和个体对疾病，特别是对复杂疾病的易感性以及对各种药物的耐受性和对环境因素反应的差异。如果确定了某SNP的基因型与某种肿瘤易感性的强相关关系，就可以此SNP作为分子遗传标记，进行分子标记诊断，在流行病学调查中确定患某种肿瘤的高危人群，以及进行患病危险程度评价，达到有效的一级预防目的。

BC RP＜A BCG2基因位于染色体22，由655个氨基酸组成，编码72-kDa的跨膜蛋白。BCRP抗体在胎盘上皮、肠上皮、乳腺导管等处表达。从结构上看，它只有一个ATP结合区、一个跨膜区，与MDR基因不同。构造上的独特提示其药物转运机制可能与其它ABC转运蛋白不同。BCRP基因表达增加可以在多种不同类型的耐药肿瘤中观察到。

由于BCRP基因G34A(Val12Met)和C421A(Gln141Lys)多态性存在较高频率且高发于大多数种族人群中，研究发现它的表达与BCRP蛋白活性有关。不同基因型所表达的BCRP蛋白活性也不尽相同，在人胎盘组织中，421A等位基因纯合子的蛋白水平比421C等位基因纯合子要低很多，同时杂合子则介于中间水平与野生等位基因型对比，34A和42A等位基因变异可降低BCRP转运蛋白活性。许多研究结果显不BCRP基因G34A和C421A多态性与DLBCL易感和生存相关。

本发明通过设计特殊的荧光定量PCR的核酸引物和探针来检测BCRP基因G34A和C421A位点的多态性，避免了测序的繁琐过程，从而可以更加准确、快速、方便地实现基因型的检测。

发明概述

本发明提供了一种用于测定人类乳腺癌耐药蛋白基因(BCRP)中G34A和C421A两个位点基因型的方法，该方法通过一组特殊的、用于荧光定量PCR反应的探针，对包括血液样本在内的多种样本进行处理，分析其结果而判断出基因型。

附图简述

图1.样本中BCRP基因G34A位点G/A基因型的两种探针的荧光定量PCR的图形。

图2.样本中BCRP基因G34A位点G/G基因型的两种探针的荧光定量PCR的图形。

图3.样本中BCRP基因G34A位点A/A基因型的两种探针的荧光定量PCR的图形。

图4.样本中BCRP基因C421A位点C/A基因型的两种探针的荧光定量PCR的图形。

图5.样本中BCRP基因C421A位点C/C基因型的两种探针的荧光定量PCR的图形。

发明详述

本发明提供了在人类细胞、组织和包括血清和唾液在内的体液中检测BCRP基因中G34A和C421A两个位点基因型的方法。

在实施方案中，本发明提供了一种测量血液样本中BCRP基因中G34A和C421A两个位点基因型的方法，该方法通过使用荧光定量PCR，利用两组特殊探针对样本进行处理，其中每种探针都只会与一种特定的基因型核酸结合，通过对这一组探针对同一样本处理的结果判断G34A和C421A两个位点的基因型。通过测序证实基于这种方法的判断是准确的。

实施例

以下的实施例用于为本领域中的普通技术人员提供有关如何实施和使用本发明的完整披露和描述，并且这些例子并非意在对本发明者所认为的发明范围进行限制，亦非意指下文的实验是被实施的全部实验而且是仅可实施的实验。

实施例1：血滴样本中BCRP基因G34A位点G/A基因型的两种探针的荧光定量PCR的图形。

我们分别使用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3的核酸引物及SEQID NO.6和SEQ ID NO.7的核酸探针，使用荧光定量PCR对同一样本进行处理，得到图1中的一组图形，判断该样本G34A位点的基因型为G/A。该结果通过测序得到确证。

实施例2：血液样本中BCRP基因G34A位点G/G基因型的两种探针的荧光定量PCR的图形。