[发明专利]与猪肉质性状相关的分子标记的克隆与应用

说明书

技术领域

本发明属于家畜基因工程中的分子标记制备技术领域，具体涉及一种作为猪标记辅助选择关联分析的与猪肉质性状相关的分子标记及其在关联分析中应用。

背景技术

猪是为人类提供动物蛋白的最主要畜种之一，猪的产肉性状(包括瘦肉产量和质量)是其经济价值的重要体现。骨骼肌是动物体内最丰富的组织，在肉用动物中占总体重的45-60％。猪瘦肉产量和质量在遗传因素上主要取决于骨骼肌的肌纤维生长发育程度，亦即胚胎发育期肌纤维数目的多少和生后期肌纤维体积的大小。肌纤维体积大小适宜且数目较多的猪只瘦肉产量高，肉质优良。

骨骼肌的生长建立在肌细胞分化与增殖基础之上。哺乳动物肌肉生长分化主要包括三个阶段，即成肌细胞(myoblast)分化形成、成肌细胞迁移、增殖和肌管(myotube)形成。上述三个阶段从微观水平上是一个极为复杂过程，涉及大量基因表达和调节因子的网络式调控。分子生物学技术的发展，以及肌肉受损后再生机制研究的深入，使得对骨骼肌生长分化相关基因的数目、功能及作用机制有了更多了解。然而，在现有研究结果基础上，还亟待解决一些重要问题：(1)除少数重要调控因子(如MRFs、MEF-2)的作用机制及通路较清楚外，多数相关基因或调控因子间的作用机理尚不清晰；(2)已知功能的骨骼肌生长分化相关基因数目偏少；(3)可用于猪产肉性状相关的候选基因数目少；(4)在单基因水平上进行相关基因的挖掘与功能分析，其成效日渐甚微。因此，从全基因组水平上对猪骨骼肌生长分化相关基因进行继续分离和研究很有必要。

TMOD1是一个40.6KD的蛋白，与TM结合并稳定其突出末端。TM结合肌动蛋白丝并抑制它们的解聚，参与构成和调节肌动蛋白丝的长度。最初认为TMOD1是红细胞膜的一部分，最近发现它与骨骼肌细丝末端有相互作用。人红细胞抗体和其它组织的蛋白反应表明：TMOD1出现在中枢神经系统的神经肌肉突触联接、心肌、晶状体中。TMOD1在多种细胞中参与肌动蛋白丝的结构组成。

TMOD1对细胞和机体的存在有重要作用。TMOD1过表达导致肌动蛋白丝缩短和引起肌纤维退化，在培养的新生鼠心肌细胞中，通过抗体和反义mRNA抑制TMOD1的成帽活性，促使形成变长的肌动蛋白丝。另外，转基因鼠中TMOD1的过表达，出现与扩张性心肌病和心肌衰退肥大反应同样的症状。靶向断裂TMOD1基因的老鼠，心脏发育，血管发生和造血功能停止，在妊娠期9.5—10.5天死亡。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术缺陷，通过PCR扩增TMOD1基因的cDNA部分片段，寻找突变位点，筛选一种与猪肉质性状相关的分子标记，利用该分子标记作为猪的标记辅助选择关联分析中的应用。

本发明通过以下技术方案实现：

申请人克隆得到一种作为猪标记辅助选择应用的与猪肉质性状相关的分子标记，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所示。在该序列表SEQ ID NO：1的第134位碱基处有一个A134-G134的碱基突变，导致RFLP-Mva I多态性。

制备检测上述碱基突变的引物对的DNA序列如下所示：

正向：5’AGTTCAGCATCGTGGGGACA3’，

反向：5’AATGCACCTGAAACACCACACAG3’。

一种如权利要求1或2所述的分子标记的制备方法，按照以下步骤：

用人TMOD1基因mRNA(GenBank收录号：NM_003275)为信息探针，作同源序列筛选，获得同源性90％以上的表达序列标签(EST)；然后对EST进行拼接；根据与人TMOD1基因的基因组全长DNA序列的比对结果大致得出外显子的拼接位点，设计扩增引物，提取DNA，PCR扩增、PCR产物纯化和测序，获得如序列表SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列。

本发明的分子标记为猪的分子标记辅助选择的关联分析提供了一个新的分子标记。

更详细的技术方案参见《具体实施方式》。

附图说明

序列表SEQ ID NO：1是本发明克隆的猪肉质性状相关基因TMOD1部分cDNA序列。

图1：是本发明的技术流程图。

图2：克隆TMOD1基因部分cDNA序列。其中第134位碱基处的括号内为等位基因的突变位点(A134-G134)。

图3：本发明中TMOD1基因部分cDNA序列电泳图谱，片段大小为739bp(琼脂糖胶浓度为2％)。图中：M泳道为DNA分子量标准(DL2000)。

图4：本发明TMOD1基因部分cDNA序列测序图，在显示双峰位置发生等位基因突变。