[发明专利]蛋白质折叠仿真中的模蛇方法

权利要求书

1.一种蛋白质折叠仿真中的模蛇方法，该方法应用于蛋白质空间结构为似扣的形状的蛋白质，其特征是其具体步骤包括：

(1)初始状态：随机产生一条蛋白质序列的构型，给出氨基酸残基个数，设定肽链折叠的最大距离参数max_distance，更新速度步长s，给肽链最小能量设初值；

(2)当折叠距离小于折叠的最大距离参数时，做波浪运动，肽链的移动路径是正弦波，并计算肽链总的最小能量值；

(3)当折叠距离等于折叠的最大距离参数时，做直线运动，肽链的移动路径为直线式，并计算肽链总的最小能量值；

(4)当折叠距离大于折叠的最大距离参数时，做盘绕运动，肽链的移动路径是螺旋曲线，采用如下扣型函数作为蛋白质折叠的函数模型，

x(t)＝(C₁ cos(t)+C₁ sin(t))

y(t)＝(C₂ cos(ω₁t)+C₂ sin(ω₁t))

z(t)＝(C₃ cos(ω₂t)+C₃ sin(ω₂t))

t＝t+s

其中s为步长，C₁、C₂、C₃、ω₁、ω₂为系数且它们与具体蛋白质的类型有关，t为更新速度，x、y、z为坐标值，并计算肽链总的最小能量值；

(5)肽链总的最小能量不再变化时，输出蛋白质构型，结束。

2.一种蛋白质折叠仿真中的模蛇方法，该方法应用于蛋白质空间结构为似圆的形状的蛋白质，其特征是其具体步骤包括：

(1)初始状态：随机产生一条蛋白质序列的构型，给出氨基酸残基个数，设定肽链折叠的最大距离参数max_distance，更新速度步长s，给肽链最小能量设初值；

(2)当折叠距离小于折叠的最大距离参数时，做波浪运动，肽链的移动路径是正弦波，并计算肽链总的最小能量值；

(3)当折叠距离等于折叠的最大距离参数时，做直线运动，肽链的移动路径为直线式，并计算肽链总的最小能量值；

(4)当折叠距离大于折叠的最大距离参数时，做盘绕运动，肽链的移动路径是螺旋曲线，采用如下圆型函数作为蛋白质折叠的函数模型，

x(t)＝(C₁ cos(t)+C₁ sin(t))+C₀t

y(t)＝(C₂ cos(ω₁t)+C₂ sin(ω₁t))

z(t)＝(C₃ cos(ω₂t)-C₃ sin(ω₂t))

t＝t+s

其中s为步长，C₀、C₁、C₂、C₃、ω₁、ω₂为系数且它们与具体蛋白质的类型有关，t为更新速度，x、y、z为坐标值，并计算肽链总的最小能量值；

(5)肽链总的最小能量不再变化时，输出蛋白质构型，结束。