[发明专利]一种短序列映射方法及系统

权利要求书

1、一种短序列映射方法，其特征在于，所述方法包括下述步骤：

将测序序列按预设长度前缀短串的碱基值排序；

将序列片段重叠群逐个碱基切割成所述预设长度的短串；

依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系。

2、如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述预设长度为构建de Bruijn图时短串的长度。

3、如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系的步骤具体为：

依次取所述序列片段重叠群切割得到的短串；

在排序后的测序序列中查找前缀短串的碱基值与序列片段重叠群中所取短串的碱基值相等的所有测序序列；

在查找到的测序序列与所述序列片段重叠群间建立映射关系。

4、如权利要求3所述的方法，其特征在于，采用二分法在所述排序后的测序序列中查找前缀短串的碱基值与所述序列片段重叠群中所取短串的碱基值相等的测序序列。

5、如权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述将测序序列按预设长度前缀短串的碱基值排序的步骤前，所述方法还包括：

根据所述测序序列得到其互补测序序列；

所述将测序序列按预设长度前缀短串的碱基值排序的步骤为：

将测序序列和得到的互补测序序列按所述预设长度前缀短串的碱基值排序；

所述依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系的步骤为：

依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列及其互补测序序列中查找相应的测序序列和/或互补测序序列，建立映射关系。

6、如权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述将序列片段重叠群逐个碱基切割成所述预设长度的短串的步骤前，所述方法还包括：

根据所述序列片段重叠群得到其互补序列片段重叠群；

所述将序列片段重叠群逐个碱基切割成所述预设长度的短串的步骤为：

将序列片段重叠群和得到的互补序列片段重叠群逐个碱基切割成所述预设长度的短串；

所述依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系的步骤为：

依次根据所述序列片段重叠群和得到的互补序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系。

7、一种短序列映射系统，其特征在于，所述系统包括：

排序单元，用于将测序序列按预设长度前缀短串的碱基值排序；

切割单元，用于将序列片段重叠群逐个碱基切割成所述预设长度的短串；以及

映射单元，用于依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系。

8、如权利要求7所述的系统，其特征在于，所述映射单元包括：

短串获取模块，用于依次取所述序列片段重叠群切割得到的短串；

查找模块，用于在排序后的测序序列中查找前缀短串的碱基值与所述短串获取模块所取短串的碱基值相等的所有测序序列；以及

关联模块，用于在查找到的测序序列与所述序列片段重叠群间建立映射关系。

9、如权利要求7所述的系统，其特征在于，所述短序列映射系统还包括：

第一互补计算单元，用于根据所述测序序列得到其互补测序序列；

所述排序单元具体是用于将测序序列和得到的互补测序序列按所述预设长度前缀短串的碱基值排序，所述映射单元具体是用于依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列及其互补测序序列中查找相应的测序序列和/或互补测序序列，建立映射关系。

10、如权利要求7所述的系统，其特征在于，所述短序列映射系统还包括：

第二互补计算单元，用于根据所述序列片段重叠群得到其互补序列片段重叠群；

所述切割单元具体是用于将序列片段重叠群和得到的互补序列片段重叠群逐个碱基切割成所述预设长度的短串，所述映射单元具体是用于依次根据所述序列片段重叠群和得到的互补序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系。