[发明专利]一种短序列组装中构建图的方法及系统

权利要求书

1.一种组装基因组的方法，其特征在于，所述方法包括下述步骤：

接收测序序列；

分别将接收到的测序序列逐个碱基滑动切割得到固定碱基长度的短串，并得到所述短串的左、右连接关系；

将得到的各所述短串的序列值，左、右连接关系及其连接数量存储为deBruijn图的一个节点；

根据构建的de Bruijn图对基因组进行组装；

所述de Bruijn图的一个节点中存储互补的两短串，节点的序列值取互补的两短串中较小的序列值。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述de Bruijn图的节点使用相应位存储所述短串的序列值、存在左连接的各碱基的连接数量和存在右连接的各碱基的连接数量。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述将得到的各短串的序列值，左、右连接关系及其连接数量存储为de Bruijn图的一个节点的步骤具体为：

根据得到的短串的序列值在已存储的节点中查询是否已存有相应节点；

如果没有查询到相应节点，则添加节点；

如果查询到相应节点，则更新所述相应节点的连接关系。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，采用哈希表存储所述de Bruijn图的各节点，其中哈希键为所述序列值，值为所述节点。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，采用多个哈希表唯一存储所述de Bruijn图的不同节点，并采用不同线程访问不同的哈希表。