[发明专利]一种染色体同线性同源区域的检测方法和系统

权利要求书

1、一种染色体同线性同源区域的检测方法，其特征在于，所述方法包括下述步骤：

将参考基因集中的所有参考基因定位到目标基因组上，构成基因拷贝座位；

根据所述基因拷贝座位，将重叠的基因拷贝聚类到一起，形成模糊位点基因代表座位；

根据所述模糊位点代表基因座位，利用动态规划模糊位点定位算法检测染色体的同线性同源区域。

2、如权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述将参考基因集中的所有参考基因定位到目标基因组上，构成基因拷贝座位的步骤之后，所述方法还包括下述步骤：

计算参考基因对应的基因拷贝覆盖所述参考基因区域的百分含量，并在所述百分含量低于预设值时，过滤掉所述参考基因对应的基因拷贝座位。

3、如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述基因拷贝座位，将重叠的基因拷贝聚类到一起，形成模糊位点基因代表座位的步骤具体为：

根据所述基因拷贝座位检测重叠的基因拷贝；

当重叠区域占每个重叠的基因拷贝的百分比均大于预设值时，将重叠的基因拷贝聚类到一起，形成模糊位点基因代表座位。

4、如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述模糊位点代表基因座位，利用动态规划模糊位点定位算法检测染色体的同线性同源区域的步骤具体为：

将所述模糊位点代表基因座位中每连续预设个模糊位点代表基因座位作为一组；

利用动态规划模糊位点比对算法对每组模糊位点代表基因座位中的两两模糊位点代表基因座位进行比对，并根据比对结果和预设的打分原则进行打分，得到对应的打分路径；

当染色体的一组区域内至少有一条打分路径的分值超过预设分值时，则认为在染色体的所述组区域检测到染色体的同线性同源区域，否则认为在染色体的所述组区域未检测到染色体的同线性同源区域。

5、如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述比对结果包括匹配、错配和空位，所述预设的打分原则为如果比对结果为匹配，则得2分；如果比对结果为错配，则得-1分；如果比对结果为错配，则得-3分。

6、如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述方法还包括下述步骤：

将每组模糊位点代表基因座位作为一个新的座位，并将每组模糊位点代表座位的最优打分路径的得分值作为新的座位的分值；

采用动态规划模糊位点定位算法检测染色体的每连续预设个新的座位区域中的同线性同源区域。

7、如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述方法还包括下述步骤：

根据所述打分路径中的最优打分路径得到染色体同线性同源的基因。

8、如权利要求1至4任一权利要求所述的方法，其特征在于，所述方法还包括下述步骤：

将染色体上的模糊位点代表基因座位进行倒序操作；

采用动态规划模糊位点定位算法检测染色体的每连续预设个模糊位点代表基因座位区域中的同线性同源区域。

9、一种染色体同线性同源区域检测系统，其特征在于，所述系统包括：

参考基因定位单元，用于将参考基因集中的所有参考基因定位到目标基因组上，构成基因拷贝座位；

基因拷贝聚类单元，用于根据所述参考基因定位单元得到的基因拷贝座位，将重叠的基因拷贝聚类到一起，形成模糊位点基因代表座位；

同线性检测单元，用于根据所述基因拷贝聚类单元得到的模糊位点代表基因座位，利用动态规划模糊位点定位算法检测染色体的同线性同源区域。

10、如权利要求9所述的系统，其特征在于，所述系统还包括：

基因拷贝过滤单元，用于计算参考基因对应的基因拷贝覆盖所述参考基因区域的百分含量，并在所述百分含量低于预设值时，过滤掉所述参考基因对应的基因拷贝座位。