[发明专利]小麦SSR标记的发展

权利要求书

1.筛选序列数据库

通过对序列数据库的查询，Devos等首先对小麦SSR进行了研究。他们将小麦储存蛋白的两个微卫星序列转换成PCR标记。这些标记是基因组专化性的，表现出高水平的变异。

2.筛选克隆文库

等用Acs1消化中国春小麦基因组DNA。构建一个平均插入大小为1kb的λ噬菌体文库，通过GT和GA筛选及测序，共分离到70个SSR。其中有25对引物能在中国春基因组中扩增出期望大小的片段。Ma等通过筛选克隆文库和计算机软件设计了3对(TCTC)n SSR引物、16对(AC)n SSR引物、12对(AG)n SSR引物。此外他们还设计了一对来自一个大麦随机cDNA克隆的(AC)n SSR引物。

Bryan等用六个不同的SSR序列：(GA)₁₆，(CA)₁₆，(CAA)₁₀，(GAA)₁₀，(AGG)₁₀，(ACG)₁₀和(CAG)₁₀，检测了中国春小片段插入(300-500b)基因组文库，分离到222个含SSR的克隆。其中49个可从中国春中扩增出预期大小PCR产物。等从不同中国春小麦基因组λ噬菌体文库中挑选1380个克隆进行测序，并设计了720个SSR引物对，其中294对有效。

Pestsova等通过筛选粗山羊草λ噬菌体和质粒文库分离到含有GA和GT基序的微卫星，并开发了65对有功能的引物。Agrogene公司协调的国际小麦微卫星协会(International WheatMicrosatellite Consortium，WMC)目前已有开发了数百个微卫星标记。Song等对小麦三核苷酸SSR基序特征的研究结果表明(TAA/ATT)n微卫星是小麦基因组中最丰富的SSR标记来源。

3.从EST中发展SSR标记

小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列标签中开发的一种新型SSR标记，可以直接获得基因表达的信息，这使得对决定重要表型性状的等位基因进行直接鉴定成为可能。并且它们可以充分利用现有测序数据，节省开发成本。另外，EST-SSR具有较好的通用性，可以有效弥补物种分子标记不足，有利于构建高密度遗传图谱。由于国际小麦族EST协作网(InternationalTriteace EST Cooperation，ITEC)的建立，小麦EST研究得到迅速发展。