[发明专利]确定核苷酸序列的方法和装置以及由该装置执行的计算机程序产品无效
申请号: | 200880000425.5 | 申请日: | 2008-09-26 |
公开(公告)号: | CN101558155A | 公开(公告)日: | 2009-10-14 |
发明(设计)人: | 本乡祯人 | 申请(专利权)人: | 株式会社东芝 |
主分类号: | C12N15/09 | 分类号: | C12N15/09;C12M1/00;C12Q1/68;G01N27/26;G01N27/327;G01N27/416 |
代理公司: | 中国国际贸易促进委员会专利商标事务所 | 代理人: | 吕林红 |
地址: | 日本*** | 国省代码: | 日本;JP |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 确定 核苷酸 序列 方法 装置 以及 执行 计算机 程序 产品 | ||
1.一种用于确定核苷酸序列的方法,包括:
向芯片盒注入含有样本核酸的溶液,其中,该芯片盒具有多个分别固定有第一探针核酸的第一检测电极、多个分别固定有具有与第一探针核酸不同的核苷酸序列的第二探针核酸的第二检测电极、以及多个分别固定有具有与第一和第二探针核酸不同的核苷酸序列的控制核酸的控制电极;
通过第一检测电极检测第一检测信号,通过第二检测电极检测第二检测信号,通过控制电极检测控制信号;
计算通过从第一检测信号的平均值减去控制信号的平均值而得到的第一差值,并且用控制信号的平均值来除第一差值,从而定义X坐标的值;
计算通过从第二检测信号的平均值减去控制信号的平均值而得到的第二差值,并且用控制信号的平均值来除第二差值,从而定义Y坐标的值;
计算正X轴与从原点到由X坐标和Y坐标定义的点的向量之间的角度;以及
将该角度与角度判断标准进行比较,从而按照该角度与角度判断标准之间的大小关系来识别样本核酸的基因型。
2.如权利要求1所述的方法,还包括:
得到由第一检测信号、第二检测信号和控制信号建立的每个电流-电压特性曲线中的尾线的斜率;以及
从尾线的斜率指定电流-电压特性曲线的正常或异常,并且在计算第一和第二差值之前从计算对象中排除异常检测信号。
3.如权利要求2所述的方法,还包括:
从分别由第一检测信号、第二检测信号和控制信号建立的电流-电压特性曲线中的对应的峰电流中,减去由第一检测信号、第二检测信号和控制信号建立的电流-电压特性曲线中定义的对应的基线电流值;以及
在计算第一和第二差值之前,得到第一检测信号、第二检测信号和控制信号的净电流。
4.如权利要求3所述的方法,还包括:
从由净电流构成的多个数据组中确定正常数据组和异常数据组,从而在计算第一和第二差值之前除去异常数据组。
5.如权利要求1所述的方法,其中,
当第一探针核酸是构成为检测野生型基因型的探针DNA、第二探针核酸是构成为检测突变型基因型的探针DNA时,角度判断标准包括:
由与正X轴的角度定义的野生型下限角度;
大于野生型下限角度的、由与正X轴的角度定义的野生型上限角度;
具有大于野生型上限角度的角度的异型下限角度;
具有大于异型下限角度的角度的异型上限角度;
具有大于异型上限角度的角度的突变型下限角度;和
具有大于突变型下限角度的角度的突变型上限角度,
当第一探针核酸是构成为检测突变型基因型的探针DNA、第二探针核酸是构成为检测野生型基因型的探针DNA时,角度判断标准包括:
由与正X轴的角度定义的突变型下限角度;
大于野生型下限角度的、由与正X轴的角度定义的突变型上限角度;
具有大于野生型上限角度的角度的异型下限角度;
具有大于异型下限角度的角度的异型上限角度;
具有大于异型上限角度的角度的野生型下限角度;和
具有大于突变型下限角度的角度的野生型上限角度。
6.如权利要求5所述的方法,其中,
当从样本得到的角度位于野生型下限角度和野生型上限角度之间的区域时,样本核酸被识别为野生型。
7.如权利要求5所述的方法,其中,
当从样本得到的角度位于异型下限角度和异型上限角度之间的区域时,样本核酸被识别为异型。
8.如权利要求5所述的方法,其中,
当从样本得到的角度位于突变型下限角度和突变型上限角度之间的区域时,样本核酸被识别为突变型。
9.如权利要求1所述的方法,其中,
当向量长度短于向量长度判断标准时,样本核酸的基因型被判断为“未确定”。
10.如权利要求5所述的方法,其中,
角度判断标准由具有已知核苷酸序列的样本核酸的多个测量数据的平均值和标准偏差定义。
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