[发明专利]测定急性髓性白血病对用法尼基转移酶治疗的反应的方法

说明书

发明背景

目前没有可用的方法预测对法尼基转移酶抑制剂的反应。替匹法尼(Tipifarnib)是第一个被临床试验的法尼基转移酶抑制剂(FTI)。Rowinsky等(2006)。其在包括AML、MM、MDS和CML在内的血液病中表现出显著的活性，在AML和MDS中的完全反应率高达约15％。Mesa等(2006)；Lancet等(2007)；Fenaux等(2007)；以及Harousseau等(2007)。FTI通过竞争性地抑制法尼基部分添加到包括Ras在内的很多重要信号分子而起作用。Rowinsky等(2006)和Cox等(2002)。

为了与细胞质膜内部小叶相互作用并参与各种信号传导途径，必须对一些与癌症相关的分子如Ras用法尼基转移酶进行法尼基化。Ras不是唯一的具有异戊二烯基化CAAX框的癌症相关蛋白。法尼基转移酶抑制剂(FTI)是抑制碳法尼基部分与各种蛋白的C-端CAAX模体共价连接的治疗剂。它们具有治疗癌症和增殖性疾病如白血病的功效。急性髓细胞性白血病(acute myelogenous leukemia，AML)是可用FTI最有益地进行处理(address)的疾病之一。

如许多治疗方案中所反映的真实情况那样，某些患者对FTI治疗起反应而其他则不然。给不可能对治疗起反应的患者开药不是期需的。因此，有用的是，在给药之前首先了解患者将对这样的治疗预期会有如何的反应，以使非反应者不必接受徒然的治疗，并使那些最有机会受益于那些药物的患者得到适当的治疗和监控。此外，在那些对治疗起反应的患者之中，可能存在各不相同的反应程度。用非FTI治疗剂的治疗或FTI联用治疗剂的治疗对于那些对FTI没有反应或对单独的FTI的反应低于预期的患者而言可能是有益的。

一直以来，ras基因的突变状况被认为是患者对FTI反应的候选生物标志。该理论基于以下临床前证据：FTI能够阻断Ras转化的细胞以及在ras基因内部的特定点突变引起许多癌症中Ras途径的组成性激活。End等(2001)Reuter等(2000)以及Bos等(1989)。因为普遍被接受的是：肿瘤严重依赖一个或两个途径的激活(“癌基因插入”假说)，所述假说遵循的是，由特定途径促进其肿瘤的患者应对抑制该途径的药物起反应。Weinstein等(2006)。然而，途经可被多个事件激活，并且业已发现不存在对Ras突变的激活下，Ras可被增量调节。Ehmann等(2006)。此外，在临床研究中证明：在ras突变和对FTI反应之间不存在关联性。Karp等(2001)；和2007004878。当几个早期临床研究集中于显示高频率ras突变的癌症时，反应率在那些试验中确实低得令人失望。Mesa(2006)；Rao等(2004)；和Van Cutwem等(2004)。

发明概述

我们根据N-Ras突变情况、总基因表达、和/或特定基因的定量PCR(qPCR)，分析了来自67位患者的骨髓，所述患者来自对用替匹法尼(R115777，)抑制法尼基转移酶的二期研究，所述研究在事先未经治疗的急性髓性白血病(acute myeloid leukemia，AML)低风险的老年人中进行。微阵列概况分析(microarray profiling)确定了两种基因的表达比(RASGRP1∶APTX)，其提供了用于预测对替匹法尼的反应的最大准确性。我们证明了该分类物(classifier)可预测在来自复发或难治性AML的54个样品的独立组中对替匹法尼的反应，NPV和PPV分别为92％和28％(优势比为4.4)。因此，在新诊断的AML和复发或难治性AML两者中，该分类物使总反应率提高约50％同时维持高NPV，并显著提高患者的总存活期。在来自相同的临床研究的30个AML样品中，该二基因分类物也被qPCR所验证，显示阴性预测值(negative predictive value，NPV)和阳性预测值(positive predictivevalue，PPV)分别为81％和50％(优势比4.3)。这些数据表明，简易的二基因表达测定可应用于诊断更可能对替匹法尼产生反应的AML患者群。