[发明专利]诊断新生物的方法-Ⅱ

权利要求书

1.筛查个体发生大肠新生物或发生大肠新生物的倾向性或监测新生物的进展的方法，所述方法包括评估来自所述个体的生物学样品中的一或多种基因或转录物的表达水平，所述一或多种基因或转录物选自：

(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：

200600_at      210133_at      227235_at

200621_at      210139_s_at    227265_at

200795_at      210298_x_at    227404_s_at

200799_at      210299_s_at    227529_s_at

200845_s_at    210302_s_at    227561_at

200859_x_at    210495_x_at    227623_at

200897_s_at    210517_s_at    227662_at

200974_at      210764_s_at    227705_at

200986_at      210809_s_at    227727_at

201041_s_at    210946_at      227826_s_at

201058_s_at    210982_s_at    227827_at

201061_s_at    211161_s_at    228202_at

201069_at      211548_s_at    228504_at

201105_at      211596_s_at    228507_at

201137_s_at    211643_x_at    228640_at

201141_at      211644_x_at    228706_s_at

201150_s_at    211645_x_at    228707_at

201289_at      211671_s_at    228750_at

201300_s_at    211696_x_at    228766_at

201324_at      211719_x_at    228846_at

201348_at      211798_x_at    228854_at

201426_s_at    211813_x_at    228885_at

201427_s_at    211848_s_at    229530_at

201438_at      211889_x_at    229839_at

201496_x_at    211896_s_at    230087_at

201497_x_at    211959_at      230264_s_at

201539_s_at    211964_at      230788_at

201540_at      211985_s_at    230830_at

201616_s_at    211990_at      231120_x_at

201617_x_at    211991_s_at    231579_s_at

201645_at      212077_at      231773_at

201667_at      212091_s_at    234764_x_at

201739_at      212097_at      234987_at

201743_at      212136_at      236300_at

201744_s_at    212158_at      236313_at

201842_s_at    212185_x_at    242317_at

201852_x_at    212192_at      200884_at

201858_s_at    212195_at      201495_x_at

201859_at      212230_at      202266_at

201865_x_at    212233_at      202350_s_at

201893_x_at    212265_at      202731_at

201920_at      212288_at      202741_at

201957_at      212386_at      202742_s_at

202007_at      212387_at      202768_at

202037_s_at    212397_at      202838_at

202069_s_at    212414_s_at    203058_s_at

202133_at      212419_at      203060_s_at

202222_s_at    212464_s_at    203240_at

202242_at      212667_at      203296_s_at

202274_at      212671_s_at    203343_at

202283_at      212713_at      203474_at

202291_s_at    212730_at      203638_s_at

202388_at      212764_at      203963_at

202555_s_at    212859_x_at    204018_x_at

202620_s_at    212956_at      204034_at

202686_s_at    213068_at      204036_at

202746_at      213071_at      204130_at

202760_s_at    213428_s_at    204388_s_at

202766_s_at    213509_x_at    204389_at

202888_s_at    213624_at      204508_s_at

202920_at      213746_s_at    204532_x_at

202953_at      213891_s_at    204607_at

202957_at      214027_x_at    204673_at

202992_at      214038_at      204818_at

202994_s_at    214091_s_at    204895_x_at

202995_s_at    214142_at      204897_at

203000_at      214414_x_at    205112_at

203001_s_at    214505_s_at    205259_at

203066_at      214677_x_at    205403_at

203131_at      214696_at      205480_s_at

203305_at      214752_x_at    205554_s_at

203382_s_at    214768_x_at    205593_s_at

203477_at      214777_at      205892_s_at

203645_s_at    215049_x_at    205929_at

203680_at      215076_s_at    206000_at

203729_at      215118_s_at    206094_x_at

203748_x_at    215176_x_at    206262_at

203766_s_at    215193_x_at    206377_at

203881_s_at    215382_x_at    206385_s_at

203908_at      215388_s_at    206664_at

203913_s_at    215657_at      207126_x_at

203914_x_at    216207_x_at    207245_at

203951_at      216401_x_at    207390_s_at

203980_at      216442_x_at    207392_x_at

204069_at      216474_x_at    207432_at

204083_s_at    216576_x_at    207761_s_at

204122_at      216834_at      208596_s_at

204135_at      216984_x_at    208920_at

204326_x_at    217148_x_at    209114_at

204438_at      217179_x_at    209374_s_at

204457_s_at    217235_x_at    209458_x_at

204570_at      217258_x_at    209791_at

204688_at      217378_x_at    210107_at

204697_s_at    217480_x_at    210524_x_at

204719_at      217546_at      210735_s_at

204745_x_at    217757_at      211372_s_at

204834_at      217762_s_at    211538_s_at

204894_s_at    217764_s_at    211549_s_at

204931_at      217767_at      211637_x_at

204938_s_at    217897_at      211699_x_at

204939_s_at    217967_s_at    211745_x_at

204940_at      218087_s_at    212224_at

204955_at      218162_at      212592_at

205097_at      218224_at      212741_at

205200_at      218312_s_at    212814_at

205267_at      218353_at      213317_at

205382_s_at    218418_s_at    213451_x_at

205412_at      218468_s_at    213629_x_at

205433_at      218469_at      213921_at

205464_at      218559_s_at    213953_at

205547_s_at    218756_s_at    214164_x_at

205683_x_at    219014_at      214433_s_at

205935_at      219087_at      214598_at

205950_s_at    219508_at      214916_x_at

206134_at      219607_s_at    215125_s_at

206143_at      219669_at      215299_x_at

206149_at      219799_s_at    215867_x_at

206198_s_at    220026_at      216336_x_at

206199_at      220037_s_at    216491_x_at

206208_at      220376_at      216510_x_at

206209_s_at    220834_at      217022_s_at

206422_at      221541_at      217109_at

206461_x_at    221667_s_at    217110_s_at

206561_s_at    221747_at      217165_x_at

206576_s_at    221748_s_at    217232_x_at

206637_at      222043_at      217414_x_at

206641_at      222162_svat    218541_s_at

206710_s_at    222453_at      218546_at

206784_at      222513_s_at    219059_s_at

207003_at      222717_at      219543_at

207080_s_at    222722_at      219796_s_at

207134_x_at    223121_s_at    219948_x_at

207266_x_at    223122_s_at    220075_s_at

207502_at      223235_s_at    220266_s_at

207961_x_at    223343_at      220468_at

207977_s_at    223395_at      220645_at

207980_s_at    223551_at      220812_s_at

208131_s_at    223623_at      221004_s_at

208370_s_at    223952_x_at    221305_s_at

208383_s_at    224009_x_at    221584_s_at

208399_s_at    224352_s_at    221841_s_at

208450_at      224412_s_at    221896_s_at

208581_x_at    224480_s_at    223484_at

208747_s_at    224560_at      223597_at

208763_s_at    224663_s_at    223754_at

208788_at      224694_at      224342_x_at

208789_at      224823_at      224989_at

208791_at      224836_at      224990_at

208792_s_at    224840_at      225458_at

208894_at      224959_at      225728_at

209047_at      224963_at      226147_s_at

209074_s_at    224964_s_at    226302_at

209101_at      225207_at      226594_at

209116_x_at    225242_s_at    226654_at

209138_x_at    225269_s_at    226811_at

209147_s_at    225275_at      227052_at

209156_s_at    225353_s_at    227522_at

209167_at      225381_at      227682_at

209170_s_at    225442_at      227725_at

209191_at      225575_at      227735_s_at

209209_s_at    225602_at      227736_at

209210_s_at    225604_s_at    228133_s_at

209283_at      225626_at      228195_at

209301_at      225688_s_at    228232_s_at

209312_x_at    225710_at    228241_at

209335_at      225720_at    228469_at

209357_at      225721_at    228961_at

209373_at      225782_at    229070_at

209436_at      225894_at    229254_at

209457_at      225895_at    229659_s_at

209496_at      226001_at    229831_at

209498_at      226051_at    230595_at

209612_s_at    226084_at    231925_at

209613_s_at    226103_at    231975_s_at

209621_s_at    226303_at    233565_s_at

209651_at      226304_at    235146_at

209656_s_at    226333_at    235766_x_at

209667_at      226430_at    235849_at

209668_x_at    226492_at    238143_at

209687_at      226682_at    238750_at

209735_at      226694_at    238751_at

209763_at      226818_at    239272_at

209868_s_at    226834_at    241994_at

209948_at      226841_at    242447_at

210084_x_at    227006_at    242601_at

227099_s_at    227061_at    243278_at；和/或

(ii)CLCA4    SGK          MT1X

ZG16         CFL2         AOC3

CA2          C1S          PPAP2A

CA1          SELENBP1     ZSCAN18

MS4A12       MT1E         IVD

AQP8         ADAMTS1      SFRP1

SLC4A4       ITM2A        COL4A2

CEACAM7      POU2AF1      GPM6B

TAGLN        FAM55D       EPB41L3

GUCA1B       C6orf204     MAOA

GCG          AKAP12       DMD

ADH1B        TUBB6        MSRB3

UGT2B17    LGALS2        PLOD2

ADAMDEC1   KIAA0828      C9orf19

MT1M       MGC14376      MIER3

AKR1B10    PPP1R14A      XDH

FN1        MUC4          CLDN23

MGP        PKIB          SGCE

CXCL12     PIGR          FOXF2

PDK4       ASPN          AGR3

CA4        A2M           IGLJ3

PYY        LOC25845      QKI

IGHA1      LGALS1        LOC399959

TPM2       BCHE          ANKRD25

C6orf105   ST6GALNAC1    CRISPLD2

HPGD       GJA1          ANK2

ADH1C      SCNN1B        LOC283666

CLCA1      FABP4         CRYAB

FABP1      F13A1         ACAT1

ENAM       CD36          IGL@

CFD        SPARCL1       PBLD

GUCA2B     ZCWPW2        CCL8

FBLN1      TNC           LIFR

LOC63928   MT1A          HLA-DRB1

ABCA8      LOC652745     UGP2

POSTN      MALL          IGKV1D-13

DCN        GNG2          AP1S2

ITLN1      DNASE1L3      EMP3

COL6A2     EGR1          MMP28

FCGBP      CMBL          UGT2A3

SLC26A2    GCNT3         RGS5

PGM5       SERPING1      PTGIS

DMN        MEIS1         DUSP5

GPNMB      EDN3          MFAP4

IGFBP5     MSN           UGT1A6

CLEC3B     MT1G          PRKAR2B

LOC253012    TPSAB1      HHLA2

DPT          GPX3        LOC652128

PCK1         CDKN2B      C3

CNN1         FOSB        ATP2B4

HSD17B2      HSPA1A      HBA1

PLAC8        CYBRD1      TCF21

TMEM47       PTGER4      PPID

OGN          MAG1        PPAP2B

CALD1        BEST2       SPON1

ACTG2        HLA-DQA1    PHLDB2

MGC4172      PRIMA1      RARRES2

MAB21L2      MT1F        ETHE1

RPL24        MAFB        MMP2

ABCG2        FAM107A     SRI

CCDC80       PRKACB      CNTN3

UGT1A1       SELM        RGS2

MRC1         TYROBP      COL6A1

HSD11B2      TNS1        FBN1

ANPEP        MYH11       MXD1

MATN2        ITM2C       PLCE1

PRNP         CES2        KCNMB1

ABI3BP       MS4A4A      CALM1

HLA-C        PDGFRA      HLA-DPB1

NDE1         CA12        SMOC2

SRPX         FKBP5       LOC285382

WWTR1        HSPB8       CLIC5

HMGCS2       TPSB2       APOE

LOC646627    FGL2        SERPINF1

KRT20        C1QB        PPP1R12B

KLF4         ANGPTL1     HSPB6

FHL1         MEP1A       FNBP1

ARL14        GUCY1A3     C4orf34

LUM          UGDH        SORBS2

SORBS1       DUSP1       GPA33

METTL7A    C2orf40    GALNAC4S-6ST

FAM129A    PLN        CFHR1

SCARA5     UGT2B15    MGC13057

SI         PDLIM3     C10orf56

ACTA2      TP53INP2   SULT1A1

CD177      ATP8B1     TTRAP

C10orf99   ANK3       CCL28

COL15A1    CTGF       IDH3A

NR3C2      MUCDHL     EDG2

DHRS9      SDPR       UGT1A8

LMOD1      COL14A1    RAB27A

EFEMP1     DSCR1      ANTXR1

GREM1      CITED2     EMP1

IL1R2      MT1H       CSRP1

LOC387763  NEXN       PLEKHC1

TIMP3      MUC2       LOC572558

MYLK       NID1       FOXP2

CLDN8      HBB        HSPA2

RDX        GCNT2      ATP1A2

TSPAN7     C20orf118  TNXB

TNFRSF17   SLC20A1    FUCA1

SYNPO2     CD14       MRGPRF

VIM        KCTD12     HIGD1A

SMPDL3A    RBMS1      MFSD4

P2RY14     PTRF       AXL

CHGA       TSPAN1     AQP1

C15orf48   UGT1A9     MAP1B

COL3A1     COX7A1     PALLD

CYR61      MUC12      MPEG1

TRPM6      PDCD4      KLHL5

OSTbeta    CAV1       TCEAL7

IGLV1-44   FAM46C     FILIP1L

VSIG2      LRIG1      IQGAP2

IGHM       HLA-DPA1   PRDX6

LRRC19    C1orf115    RAB31

CD163     HBA2        LOC96610

CEACAM1   EDIL3       FGFR2

TIMP2     DES         PAPSS2

ENTPD5    MT2A        XLKD1

DDR2      KCNMA1      SMTN

CHRDL1    GAS1        C8orf4

SRGN      TBC1D9      SDCBP2

PDE9A     C7          CCL11

PMP22     P2RY1       ELOVL5

FLNA      NR3C1       FOXF1

STMN2     STOM        RELL1

MYL9      CKB         PNMA1

SEMA6D    CLU         LOC339562

PADI2     SLC26A3     PALM2-AKAP2

SEPP1     SDC2        PAG1

TGFB1I1   SST         HCLS1

SFRP2     HLA-DRA     RGS1

UGT1A3    TSC22D3     FXYD6

MS4A7     IL6ST       OLFML3

ALDH1A1   C1QC        COL6A3

其中相对于对照水平而言组(i)和/或组(ii)的基因或转录物的较低表达水平代表新生性大肠细胞或倾向于发生新生状态的细胞。