[发明专利]一种三疣梭子蟹多元高通量遗传标记系统及遗传分析方法

说明书

技术领域

本发明涉及水产遗传育种领域，具体说是一种三疣梭子蟹多元高通量 遗传标记系统及遗传分析方法。

背景技术

随着生物技术的发展，分子标记也在不断更新，目前广泛应用在海洋 动物遗传学分析中的标记是线粒体序列和微卫星标记。线粒体序列(mtDNA) 作为核外遗传物质，具有进化速度快、非重组变异和母系遗传等特点，完 全相同的序列信息表明样品来源于同一母本。常用作种内遗传分析的mtDNA 片段有COI，16S和CR。微卫星(SSRs)是在真核和原核生物基因组中存在的 由2-6个碱基构成的串联重复序列，具有高度多态性和共显性特点。微卫 星标记能够提供双亲的遗传信息，尤其应用在揭示个体间和群体间的基因 交流、推测亲权关系和杂交现象的分析中，能更全面的反映群体间的遗传 关系。基因组微卫星标记常被用于濒危珍贵保护动物以及海洋经济物种的 遗传多样性评估及系谱认证。目前，三疣梭子蟹序列信息(国际共享数据 库GenBank中公布112个核苷酸序列和494个EST序列)还没有被系统的 开发并真正应用于遗传育种所需的系谱认定和遗传关系分析中。

发明内容

本发明的目的在于提供一种快速、有效的三疣梭子蟹多元高通量遗传 标记及遗传分析方法。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案为：

三疣梭子蟹多元高通量遗传标记系统：所述多元高通量遗传标记系统 为线粒体序列信息系统和微卫星分子标记系统，其中微卫星分子标记系统 为由7个SSR标记的系统1和6个SSR标记的系统2组成；

系统1由7个SSR标记组成，扩增7个SSR标记的7对引物分别是

E13(F：AAGGAGGAGGCTTTGATATG；R：GTCTTCCACTCCCTTACTGT)；

P04(F：GCCACTATCTTGCTGAGGTTGA；R：GCCATAGCACGAACACTTTTGA)；

E20(F：CCTCAGGGCAGCTCTGGAT；R：CCCGGACTAGGTGACAGGTT)；

E24(F：AACTATGGGTCCTGAGTATTA；R：CTCGGTTTCTGTCCACTT)；

C13(F：CTGTCTGATGAGTGAGGCTAC；R：TGACCACGAGGAAAGGAG)；

C31(F：TATAAGGGCTTAAGTGTACG；R：GATCTAAACTCAAGGCAAAA)；

H4(F：AATCACTTCACTACACCTTTT；R：CTTGATGGGTGGCAGTCT)；

系统2由6个SSR标记组成，扩增6个SSR标记的6对引物分别是

E9(F：TACTGAGACGCCGCTGGTTA；R：ACAAGATCCTTCGTGGTGGG)；

E18(F：CCACAACTGCAAACACCT；R：TTGGCATTTTCATCACTTAC)；

E28(F：CGTTACTGAAAGAGTGGTGAA；R：GCAGAGGTTGTACCACCG)；

C14(F：AGTGAGATTAACGCAACT；R：CATCTTTCATTACAGGGA)；

H13(F：ATGGGCAAGCCTCTTAATGT；R：GGATCTTCGGGTAGGACTGA)；

E17(F：ATAAATATCTTGGAAGCCCTCA；R：ACGCCACATAGAACACTCACTC)。

所述线粒体序列信息系统，扩增COI，16S和CR序列的三对引物分别是 LCO1490(GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG)和 HCO2198(TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA)；16Sar-L(CGCCTGTTTATCAAAAACAT) 和16Sbr-H(CCGGTCTGAACTCAGATCACGT)；12ST(AGGAATTAAGAAACAATCAAACTTT) 和CRT(GCCGTTGAGTGAAGAGTGTTCAGATAG)。