[发明专利]荧光标记mini-STR进行人类基因分型的测试方法及试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及在人类基因检测，特别涉及mini-STR(short tandem repeats， 短串联重复序列)的分析，具体地说是采用荧光标记mini-STR进行人类基因分 型的测试方法及试剂盒。

背景技术

STR遗传标记系统由于在人类基因组中分布广泛，并且具有高度的遗传多态 性及简单快捷的检测方法，被广泛应用于法医学、考古学、遗传学等领域。目 前，用于个人识别和亲权鉴定常用的STR商品化试剂盒主要有AmpFLSTR Identifiler、16和DNATyper15三种。AmpFLSTR Identifiler系统 包括15个常染色体基因座：D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、 D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA和 一个性别鉴定位点Amelogenin；16系统包括15个常染色体基因座： Penta E、D18Sb1、D21S11、TH01、D3S1358、FGA、TPOX、D8S1179、vWA、Penta D、CSF1PO、D16S539、D7S820、D13S317、D5S818和一个性别鉴定位点Amelogenin； DNATyperTM15包括14个常染色体STR基因座D6S1043、D21S11、D7S820、CSF1PO、 D2S1338、D3S1358、D13S317、D8S1179、D16S539、Penta E、D5S818、vWA、D18S51、 FGA和一个性别鉴定位点Amelogenin。这三种试剂盒的扩增产物片段均分布在 100-500bp之间，在日常检案中能够对大部分检材作出正确的分型。

但是对于某些DNA高度降解的检材，如陈旧骨骼、牙齿、腐败的肌肉、组 织等，如使用这些商品化STR复合扩增试剂盒进行检测时，片段较大的STR基 因座往往无法进行有效的扩增，表现为：扩增效率随片段增大而显著降低、等 位基因缺失或完全丢失等，如PowerPlex16试剂盒中CSF1PO、Penta D等基因 座信号很弱，无法判型。这使得高度降解DNA检材在一定程度上成为现阶段法 医DNA检验的难点，从而制约了某些重要物证在法医或考古过程中应发挥的作 用。

在现有技术的基础上，通过改进DNA提取方法，或提高模板DNA浓度和纯 度，优化扩增条件，增加循环次数，减小STR体系等方法，也可以在一定程度 上提高DNA高度降解检材的STR检出率，但都不能从根本上解决等位基因缺失 或者完全丢失等问题。

发明内容

本发明针对高度降解检材的DNA分型困难，提供一种适合中国人群的 mini-STR分型测试方法及配套的试剂盒，使检测DNA的片段范围缩短至80～ 150bp，提高对高度降解DNA分型的成功率。

为解决上述问题，本发明的测试方法包括以下步骤，a)提取DNA，b)复合 扩增mini-STR基因座，并标记，c)检测、确认扩增产物，上述的mini-STR基 因座为D10S1248、D2S441、D1S1677、D9S2157、D9S1122、D10S1435、D12ATA63、 D2S1776、Amelogenin、D4S2408、D20S482、D6S1017或者D6S474中的至少一个。

上述mini-STR基因座根据以下标准进行选取：(1)多态性程度高，杂合度 大于0.7；(2)与CODIS基因座之间无连锁关系；(3)系统内的mini-STR基因 座之间处于连锁平衡状态；(4)PCR产物小于150bp；(5)突变率小于0.002。 选择的上述基因座在中国人群中具有较高的鉴别能力，且具有较小的扩增产物， 与CODIS基因座无连锁关系，适用于高度降解检材的DNA分析，采用上述基因 座即可识别不同的个体。其相关信息见表1。

表1mini-STR基因座有关信息