[发明专利]一种获得EST-SSR标记的方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种获得EST-SSR标记的方法。

背景技术

SSR简单序列重复标记(Simple sequence repeat，简称SSR标记)，也叫微 卫星序列重复，是长达几十个核苷酸的串联重复序列，其重复单位一般为2-6个核 苷酸，它们广泛分布于各类真核生物基因组的不同位置，而且分布比较均匀，平均 每10kb的DNA序列中就会出现一个微卫星序列，SSR标记因为具有共显性、高度 重复性、高度丰富的多态性等优点，成为构建遗传连锁图谱、研究群体遗传学、进 行分子标记辅助育种、系谱分析、品种指纹图谱绘制、品种纯度检测、目标性状分 子标记筛选和法医鉴定的理想工具。表达序列标签(Expressed Sequence Tag，EST) 中也含有SSR序列，被称为EST-SSR，基于EST的SSR标记(即EST-SSR标记)是 近年发展起来的新型分子标记，与基因组SSR标记(即genomic-SSR标记)相对应。 与基因组SSR标记相比，EST-SSR标记有其独特的优越性：从标记开发的角度来说， 省去了SSR引物开发过程中的克隆和测序步骤，充分利用了现有测序数据，降低了 开发成本；从应用的效果角度考虑，EST-SSR来自基因转录区段，可以反映出基因 表达的信息，为功能基因提供“绝对”的标记，可直接定位决定重要表型性状的等 位基因(Chen X，Salamini F，Gebhardt C.2001.A potato molecular function map for carbohydrate metabolism and transport.Theoretical and Applied Genetics.102(2)：284-295)；由于EST-SSR两翼序列保守性好，因此在不同物 种间有较好的通用性(Cordeiro G M，Casu R，McIntyre C L，et al.2001. Microsatellite markers from sugarcane(Saccharum spp.)ESTs cross transferable to erianthus and sorghum.Plant Sci.160：1115-1123；Decroocq V，Fave M G，Hagen L，et al.2003.Development and transferability of apricot and grape EST microsatellite markers across taxa.Theor Appl Genet.106(5)： 912-922)。EST-SSR标记的诸多优点和许多物种的大量EST序列获得为EST-SSR 标记开发提供基础，然而不同的开发方法对标记开发的效率有一定影响。研究表明， 10％的mRNA 3’端有重复序列，这可以作为SSR标记(Hatey F，Yano M，Shomura A，et al.1998.Expressed sequence tags for genes：a review.Gnent.Sel. Evol.30(1)：521-541；Yammanoto K，Sasaki T.1997.Large scale EST sequencing in rice.Plant Molecular Biology，35(1)：135-144)。研究表明，由于EST-SSR 标记来自高度保守的基因转录区，其多态性水平低于基因组SSR标记(Scott K D， Eggler P，Seaton G，et al.2000.Analysis of SSRs derived from grape ESTs. Theor.Appl.Genet，100：723-726)。来自3’EST的SSR标记高于来自5’EST 的SSR标记(Scott K D，Eggler P，Seaton G，et al.2000.Analysis of SSRs derived from grape ESTs.Theor.Appl.Genet，100：723-726)，3’EST可能 包含cDNA的3’转录非翻译区(3’UTR)，这个区域的变异频率要远大于5’EST， 所以大多数研究是从3’EST入手开发EST-SSR以提高出现多态性标记的可能性， 但这种方法容易错过存在于5’EST的SSR标记；也有报道认为SSR随着重复次数 的增多，其产生多态性的可能性会增大，所以许多研究把目标锁定SSR重复次数达 到一定的数量以上的序列，而这种方法也会错过一些具有多态性的SSR短序列。总 之，目前的SSR标记的开发方法都存在效率不高、费时费力的问题。目前，还没有 一种高效开发EST-SSR标记方法的相关报道。