[发明专利]一种白菜品种鉴定的方法及其专用试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种白菜品种鉴定的方法及其专用试剂盒。

背景技术

白菜类蔬菜是原产于我国并广受欢迎的蔬菜，并且其栽培面积极广适应于全国各种气候条件下栽培。由于品种的差异直接影响这类蔬菜的生产和使用性能，品种鉴别尤为重要。对于控制种子质量的商品种子品种鉴别，新品种登记的品种测试以及资源种质遗传多样性分析，都非常需要发展一种高效、快速、准确和经济实用的白菜类蔬菜的品种鉴别方式。

经典的鉴定方法是形态标记的田间检测(孟淑春，郑晓鹰，刘玉梅，何伟明，刘庞源.2005.大白菜种质资源形态形状的多样性分析.华北农学报，20(4)：57-61)，近年来分子标记作为一种植物基因组特征分析手段，是继形态标记，细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的基因标记形式，其具有的许多优势是基于DNA水平多态性的遗传标记。众所周知，目前已使用的分子标记技术不下数十种(张书芬，傅廷栋，李媛媛，朱家成，王建平，马朝芝.2006.SRAP标记分析甘蓝型油菜多态性.华北农学报，21(1)：50-54；Li L，Zheng X Y，Klocke E.2003.Identificationof hybrid purity of tomato(Lycopersicon esculentum)using RAPD markers.Guihaia，23(2)：149-154；Li L，Zheng X Y，Klocke E.2004.Variation in Some Lycopersicumesculentum and Capsicum annuum Cultivars Revealed by RAPD and AFLP Ma

SSR技术由于其多态性和重复性表现是目前研究和应用的热点与首选技术，微卫星DNA是一种核酸简单重复序列，简称SSR，广泛存在于真核生物的基因组中。SSR的核心单位一般由2-5个核苷酸组成，两侧一般是保守序列，可用于设计引物并进行扩增。SSR的特点主要有：数量丰富，覆盖整个染色体组；具有多等位基因特性，信息含量高；共显性遗传；用于PCR分析时重复性好。虽然植物中SSR的数量约为哺乳动物的六分之一，但其多态性水平与动物中相当。比较RAPD、ALFP和SSR标记的稳定性，SSR标记最稳定和可靠，不同实验室的得到的实验结果之间，可比性最强。通过设计引物进行SSR的多态性分析的方法已在许多植物中得到应用。迄今为止，已从小麦、水稻、玉米、大麦、马铃薯、油菜、西红柿等作物基因组中分离得到SSR，大多数表现出较好的多态性。目前已有研究将此项技术应用到大豆、小麦、水稻、大麦等作物的品种鉴定方面，也可用于杂交种的纯度鉴定。这种方法在作物上应用较多的主要原因是目前已有一些引物序列能对多态性较高的SSR等位基因进行分析。根据研究结果，在不同的实验室不同的实验系统条件下，与RAPD和AFLP标记相比，SSR标记的实验差异是最小的，即SSR的稳定性是最好的。

SSR标记检测方式在蔬菜上的应用还不太多，因为有效的SSR标记的数量有限。然而，有效的SSR引物的获得，要耗费大量的时间和财力。依据最新的研究成果，EST-SSR标记可以减少巨大的投入，使获得大量有效的SSR标记成为切实可行的途径。表达序列标签(expreessed sequence tags)EST是指对cDNA克隆进行随机的、单项测序所获得的一段核苷酸序列。自Adams等在人类基因组研究中使用这一概念以来，EST技术已被广泛应用于新基因的克隆、组织特异性基因表达谱分析以及基因组序列的功能注释等许多研究领域。EST现已成为大规模获取功能基因的一种最为快捷和有效的研究手段。目前，国际上最大的EST专门数据库dbEST中已有25,959,961个EST片段。芸薹属中EST数目最多的是油菜，共45,906条，结球白菜有12,583条EST信息。由EST信息库形成有效的SSR标记成为一种明智的选择。目前，在葡萄、甘蔗、小麦和大麦上都有利用这种方式形成了EST-SSR标记的报道。利用MISA软件在EST信息库的基础上得到SSR核心序列和核心序列单元重复数，以及引物和扩增片断的大小。

发明内容

本发明的发明人为了有效和全面鉴定白菜品种，研制了EST-SSR复合标记检测技术，提供了一种白菜品种真实性及一致性鉴定的方法及其专用试剂盒。

本发明所提供的白菜品种鉴定的试剂盒，是包括6套EST-SSR复合标记引物组合的试剂盒，它包括下述引物组合：