[发明专利]水稻育性恢复基因特异性分子标记的筛选方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种利用水稻种质资源筛选特异性分子标记的方法，特别是利用水稻种质资源筛选水稻育性恢复基因特异性分子标记的方法。

背景技术

水稻细胞质雄性不育(CMS)及其育性恢复，是实现水稻三系配套的基础。在诸多CMS中，野败型是我国三系杂交稻中应用最早、应用面积最为广泛的不育胞质类型，且与生产上应用较多的其他胞质类型(K型、矮败型、D型、冈型和印尼水田谷型)具有相似的恢保关系。这类胞质的育性恢复主要受两个主效基因控制，分别是位于第1染色体短臂的Rf3和第10染色体长臂的Rf4。

在育种实践中，恢复基因的筛选通常是通过大量的后代测交加以确定，其缺点是周期长、工作量大，同时表型鉴定在一定程度上受环境条件的影响，选育效率低。近年来，以基因型鉴定为基础的分子标记辅助选择逐渐在育种实践得到有效应用。在育性恢复基因定位的基础上，可以筛选到与恢复基因紧密连锁的分子标记，但往往遇到标记多态性的组合特异性问题，即在特定亲本之间呈多态的标记，在育种群体的亲本之间可能呈现单态，需要针对具体育种群体的亲本重新筛选多态性标记，既增加了工作量，又提高了育种工作的难度。如果能够应用数量较大的种质资源，筛选出与育性恢复基因相关的特异性标记，就可以为水稻育性恢复基因分子标记辅助选择的开展提供极大的便利。

发明内容

本发明的目的是提供一种筛选育性恢复基因特异性分子标记的方法，从而获得可用于辅助筛选籼型不育系和恢复系的分子标记，加速水稻育种进程、提高选择效率、节约成本。

本发明是通过如下技术方案来实现的：以携带水稻CMS育性恢复基因Rf3和Rf4的43份籼型恢复系和不携带这两个基因的23份籼型不育系为材料，挑选与Rf3和Rf4基因紧密连锁的PCR(聚合酶链式反应)标记，应用相应引物进行PCR扩增，扩增产物在6％的非变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳检测。根据66份种质资源分子检测结果，如果一个标记在不育系和恢复系之间呈现特异性差别(不育系中检测到的条带不在恢复系中检测到，且恢复系中检测到的条带也都不在不育系中检测到)，或在不育系检测到特异条带(特定条带只在部分不育系中检测到，而不在任何恢复系中检测到)，或在恢复系检测到特异条带(特定条带只在部分恢复系中检测到，而不在任何不育系中检测到)，则将该标记判断为鉴定其连锁基因的特异性分子标记。

经应用Rf3基因的6个连锁标记和Rf4基因的5个连锁标记检测66份水稻材料，将微卫星标记RM10338和RM10353确定为鉴定Rf3基因的特异性分子标记，将RM6100和RM1108确定为鉴定Rf4基因的特异性分子标记；其中，RM10338在不育系和恢复系之间呈现特异性差别，其他3个标记在恢复系检测到特异条带。

附图说明

图1A为23份野败型雄性不育系和43份恢复系的DNA标记检测结果即分子标记RM10338的检测结果；

图1B为23份野败型雄性不育系和43份恢复系的DNA标记检测结果即分子标记RM6100的检测结果。

具体实施方案

如图1A、图1B所示，M：Marker；1：II-32B；2：D优62B；3：V20B；4：博B；5：川香29A；6：菲改B；7：丰源A；8：冈46B；9：金23B；10：龙特浦B；11：内香2A；12：内香85A；13：天丰A；14：协青早B；15：印32B；16：优IB；17：珍汕97B；18：中100A；19：中1A；20：中2B；21：中3B；22：中9B；23：中浙A；24：207；25：253；26：926；27：CDR22；28：R402；29：To974；30：ZDZ057；31：测64；32：多系1号；33：恩恢58；34：辐恢718；35：广恢128；36：桂99；37：江恢151；38：泸恢17；39：密阳46；40：绵恢501；41：绵恢725；42：明恢63；43：明恢70；44：明恢77；45：明恢86；46：蜀恢162；47：蜀恢527；48：盐恢559；49：宜恢1577；50：镇恢084；51：CH238；52：CH59；53：中恢218；54：中恢8006；55：中恢111；56：中恢1176；57：中恢333；58：中恢161；59：特青；60：IR24；61：中恢8012；62：中恢8015；63：中恢465；64：中恢7492；65：R600；66：恢66。

具体筛选方法：

1.育性恢复基因特异性分子标记的筛选