[发明专利]一种与瓯江彩鲤粉花体色相连锁的SCRA标记和检测方法

说明书

技术领域

本发明属于遗传育种学和水产养殖学领域，更具体地，本发明涉及一种与瓯江彩鲤粉花体色相连锁的DNA分子、引物及一种检测瓯江彩鲤粉花体色的方法。 

背景技术

瓯江彩鲤，是浙江省瓯江流域的地方性养殖对象，至今已有1200余年的养殖历史。瓯江彩鲤不仅生长迅速、营养丰富，有极为优良的食用性能，而且体色丰富，色彩艳丽，有红色、白色和花色等多种多样的体色，可与著名的日本锦鲤相媲美，作为观赏鱼类开发也具有巨大的发展潜力。在2000年对瓯江彩鲤进行系统开发利用以前，有五种基本体色：一是“全红”(全身体表均为红色)，二是“大花”(即全红体表镶嵌大块黑色斑纹)、三是“麻花”(即全红体表散布黑色小斑点)、四是“粉玉”(即全身体表呈粉白色)，五是“粉花”(即粉白色体表镶嵌大块黑色斑纹)。程起群等在2001年第28卷第2期的《水产科技情报》上报道了不同体色瓯江彩鲤的生长率和成活存在显著差异。王成辉等在2004年第13卷第2期的《上海水产大学学报》上也报道了不同体色瓯江彩鲤在不同的饲养环境中存在显著的生长差异，表现出较强的遗传环境互作。上述研究表明：不同体色的瓯江彩鲤存在生长率和成活率上的差异，即体色与生长性状存在一定的相关性。 

为进一步研究和探索瓯江彩鲤体色与生长性能的相关和连锁关系，一直希望找到不同体色的特异性分子标记，以期为瓯江彩鲤的分子标记辅助育种提供依据，实现鱼类育种从传统育种向现代分子标记育种的跨越。 

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种与瓯江彩鲤粉花体色相连锁的DNA分子、引物以及检测瓯江彩鲤粉花体色的方法，来为瓯江彩鲤的分子标记辅助育种提供依据。 

本发明所要解决的技术问题通过如下技术方案实现： 

一种用于检测瓯江彩鲤粉花体色的DNA分子，所述的DNA分子具有：SEQ ID NO： 1中所示的核苷酸序列； 

一种用于检测(尤其是早期检测，即体色尚未稳定时的检测)瓯江彩鲤粉花体色的引物，所述引物的长度为20个核苷酸，并且所述的引物可扩增出具有SEQ ID NO：1中所示的核苷酸序列的DNA分子：核苷酸序列； 

所述引物还可选自：具有SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：3与SEQ ID NO：4所示核苷酸序列的引物； 

一种早期检测瓯江彩鲤粉花体色的方法，包括：从待测鱼群随机选取10-100尾鱼，优选20-50尾鱼，更优选50-50尾鱼；检测它们的基因组DNA中是否存在具有SEQ ID NO：1中所示核苷酸序列的DNA分子，若存在则是瓯江彩鲤粉花群体。 

所述方法中，可利用具有SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：3与SEQ ID NO：4所示核苷酸序列的引物检测待测鱼的基因组DNA。 

发明人应用随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD)技术对前面所述五种体色瓯江彩鲤的观赏型选育配套系F5进行全基因组扫描，发现了一条与“粉花”体色相关的特异性条带，并将此条带成功的转为SCAR(Sequence CharacterizedAmplified Region)标记，用于对“粉花”体色瓯江彩鲤的特异性分子标记与检测。 

本发明人经过近一年试验，首次揭示与“粉花”体色相连锁的特异性分子标记，并可检测“粉花”体色瓯江彩鲤，所述分子标记存在于“粉花”体色瓯江彩鲤的基因组DNA中，而在其它四体色瓯江彩鲤的基因组DNA中不存在或者存在几率显著降低，因而所述分子标记可良好地反映“粉花”体色瓯江彩鲤的基因组特点，并应用于检测“粉花”体色瓯江彩鲤，以及应用后续的瓯江彩鲤分子标记辅助育种。本发明还揭示了基于所述分子标记设计的引物和试剂盒。 

基本原理 

本发明的最主要理论基础是基于不同体色瓯江彩鲤之间基因组序列的多态性，以及随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD)、序列特异扩增区域(Sequence Characterized Amplified Regions，SCAR)分析方法。