[发明专利]PSMA6基因中一个用于猪肉产品DNA溯源的新SNP分子标记

说明书

技术领域

本发明属食品安全领域，具体涉及PSMA6基因中一个用于猪肉产品DNA溯源的新SNP分子标记。

背景技术

肉产品追溯系统作为一种食品质量安全风险控制管理手段，在越来越多的国家中得到应用，甚至一些国家以法规的形式明确规定不具备可追溯条件的肉产品禁止进入市场。受我国饮食习惯的影响，猪肉是人们日常生活中最主要的肉产品，因此猪肉产品的安全成为肉产品安全的重点。通过猪肉制品的溯源管理，能够为消费者提供准确而详细的有关产品的信息，有利于生产经营者及时发现各环节中存在的不安全隐患，为消费者提供一个获取有效可靠信息的途径，更为重要的是，大大加强了政府部门对肉质品质量安全的监管，为国家迅速建立食品安全风险的应对机制提供有效信息，有助于社会的安定。

在我国的猪肉产品追溯体系中，主要使用的是标签溯源技术(物理方法)。如2004年，上海在规模化养猪厂建立了“电子档案”；2005年福建省开通了肉产品质量查询系统；2008年，杭州建立了“放心肉”的质量安全信息可追溯体系，同年北京市建立了畜禽产品追溯系统，纳入14家生猪屠宰企业和所有牛羊肉家禽生产加工企业，使用的是IC卡和电子标签(RFID)技术。国外肉产品追溯系统采用的是DNA溯源技术(生物学方法)。相比之下，我国采用的标签溯源技术存在标签丢失、记录出差、标记图案模糊不清以及标签容易人为改换等缺点，而DNA溯源技术不受人为因素影响，结果准确，并且检测手段简单快捷等成为目前国际上被公认为最具发展潜力和应用价值的快速溯源技术。

用于构建个体DNA指纹图谱的分子标记有AFLP标记(扩增片段长度多态性)、SSR分子标记(微卫星标记)和SNP分子标记(单核苷酸多态性)。其中SNP是最简单的多态形式，是由DNA序列中某个特定位点上的单个核苷酸发生变异而引起的序列多态性。但并非所有的SNP标记都可以用作溯源，可以用于溯源的SNP标记至少具有以下特点：(1)变异度高，等位基因频率接近；(2)品种间等位基因分布差异小。

PSMA6基因是蛋白酶体亚家族的成员。泛素-蛋白酶体是一类重要的水解酶，通过对底物蛋白进行泛醌化，为蛋白酶体识别降解，从而严格控制着细胞内蛋白质的质量，调节蛋白的激活，失活，周转，数量，继而影响着机体一系列的生理反应和机能。Sjakste通过短片段测序的方法，获得人PSMA6基因的基因组片段，并且确定其基因的基本结构。PSMA6基因包含7个外显子，长度19kb。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于提供一种PSMA6基因中一个用于猪肉产品DNA溯源的新SNP分子标记。本发明对猪PSMA6基因进行分离，并进行SNP寻找，并进一步进行了变异度的筛选，以期获得可用于肉产品安全性溯源的分子标记。

为了达到上述目的，本发明采用以下技术方案来实现：

PSMA 6基因中一个用于猪肉产品DNA溯源的新SNP分子标记，是通过在6个猪品种或品系的试验群体(共计145个体)中，通过克隆测序、序列分析比较，分析其PSMA6基因的SNP位点等位基因的分布情况，进一步筛选获得本发明的用于猪肉产品DNA溯源的新SNP分子标记。具体步骤如下：

(1)在NCBI数据库中，以猪PSMA6基因的mRNA序列(NM_001139472)为模板设计引物分离猪PSMA6基因的DNA片段，测序并分析。

所得PSMA6基因长628bp，其中包含完整的内含子2、内含子3和完整外显子2的序列，部分外显子1和部分外显子3的序列。

(2)该PSMA6基因的序列如SEQ ID NO 1所示，其第21位碱基处有一个碱基突变21C-21T，检测该碱基突变21C-21T的正、反向引物的DNA序列如SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3所示。采集6个品种和品系的耳组织样，145个个体。

(3)检测SNP标记在试验群体的分布，筛选适用于猪肉产品溯源的SNP标记，并采用PCR-BseLI-RFLP的方法对其进行检测。

本发明采用克隆子测序比较的方法检测到猪PSMA6基因基因组片段中存在的SNP位点，并通过在试验猪群中进行SNP标记变异度的分析，获得一个新的可以用于猪肉产品DNA溯源的SNP分子标记，该新SNP分子标记可应用于猪肉产品的安全性溯源。

具体实施方式

下面结合具体实施例进一步详细描述本发明的技术方案。

实施例1

分子标记的查找

(1)引物设计