[发明专利]TRIM55基因中一种用于猪肉产品DNA溯源的新SNP标记

说明书

技术领域

本发明属食品安全领域，涉及TRIM55基因中一个新SNP分子标记，具体涉及TRIM55基因中一种用于猪肉产品DNA溯源的新SNP标记。

背景技术

鲜肉及肉制品是人们日常生活中必不可少的食品，受我国饮食习惯的影响，猪肉是人们日常生活中最主要的肉产品，因此猪肉产品的安全成为肉产品安全的重点。肉产品追溯系统作为一种食品质量安全风险控制管理手段，在越来越多的国家中得到应用，甚至一些国家以法规的形式明确规定不具备可追溯条件的肉产品禁止进入市场。通过肉制品的溯源管理，能够为消费者提供准确而详细的有关产品的信息，有利于生产经营者及时发现各环节中存在的不安全隐患，为消费者提供一个获取有效可靠信息的途径，更为重要的是，大大加强了政府部门对肉质品质量安全的监管，为国家迅速建立食品安全风险的应对机制提供有效信息，有助于社会的安定。

在我国的肉产品追溯体系中，主要使用的是标签溯源技术(物理方法)。如2004年，上海在规模化养猪厂建立了“电子档案”；2005年福建省开通了肉产品质量查询系统；2008年，杭州建立了“放心肉”的质量安全信息可追溯体系，同年北京市建立了畜禽产品追溯系统，纳入14家生猪屠宰企业和所有牛羊肉家禽生产加工企业，使用的是IC卡和电子标签(RFID)技术。

国外肉产品追溯系统采用的是DNA溯源技术(生物学方法)。DNA溯源技术的产生源于DNA的遗传与变异，每个个体的DNA指纹图谱是唯一而且不能改变的，于是可以把DNA作为像指纹那样的独特特征来识别不同的个体。相比之下，我国采用的标签溯源技术存在标签丢失、记录出差、标记图案模糊不清以及标签容易人为改换等缺点，而DNA溯源技术不受人为因素影响，结果准确，并且检测手段简单快捷等成为目前国际上被公认为最具发展潜力和应用价值的快速溯源技术。

用于构建个体DNA指纹图谱的分子标记有AFLP标记(扩增片段长度多态性)、SSR标记(微卫星标记)和SNP标记(单核苷酸多态性)。其中SNP是最简单的多态形式，是由DNA序列中某个特定位点上的单个核苷酸发生变异而引起的序列多态性.它具有以下特点：

(1)二等位基因

SNP是一种二态的标记，非此即彼，在检测时无需同检测微卫星标记那样对片段的长度做出测量，易于分型，并且对DNA质量要求不高。有利于发展快速、自动化筛选和检测，以及批量、规模化筛查和分析。

(2)分布广，密度大

SNP在基因组中数量巨大，在任何已知或未知基因内和附近都可能找到SNP。就整体而论，它的多态性数量最多，占所有已知多态性的90％以上。

(3)高遗传稳定性

SNPs在漫长的历史进化中形成，先形成的SNPs在群体中常有更高的频率，后形成的SNPs所占的比率较低。各地各群体中特定SNPs并非一定都存在，其所占比率也不尽相同，但大约有85％是共通的。

目前，国外采用的溯源标记包括以上三种，有的是采取其中二者的组合，但SNP标记逐步取代AFLP标记和SSR标记已经成为一种必然的趋势。因为相比SNP标记，AFLP标记技术技术费用昂贵，对DNA的纯度和质量要求很高；SSR标记等位基因数目多，带型复杂，给DNA指纹识别自动化和规模化带来困难；因而SNP标记顺理成章成为DNA溯源技术的最佳分子标记。

猪的育种工作者在长期的研究过程中，积累了大量的SNP标记信息，但并非所有的SNP标记都可以用作溯源，可以用于溯源的SNP标记具有以下特点：(1)变异度高，等位基因频率接近；(2)品种间等位基因分布差异小；(3)SNP侧翼序列不存在任何变异。由于育种研究多集中在猪肉质性状，繁殖性状，生长性状等重要经济性状上，因此现有的SNP标记存在以下问题：(1)现有的SNPs集中在重要性状的功能基因或候选基因上，常常是多个SNPs都处在某一个基因的序列中，相邻SNPs不能满足间距达到1Mb；(2)位于不同基因的SNP也可能会因为所属基因同属于某一类性状，因而基因间可能存在互作，从而导致SNP间相互不独立；(3)大部分SNP在不同猪种群体中的分布常常出现偏态，也就是品种间等位基因分布差异大。因此，非常有必要进行新SNP标记的研究。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于提供TRIM55基因中一种用于猪肉产品DNA溯源的新SNP标记，以弥补现有技术的缺陷。

为了达到上述目的，本发明采用以下技术方案来实现：