[发明专利]鸡内脂素基因9bp indel多态性检测方法及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种鸡内脂素(visfatin)基因9bp indel多态性检测方法，同 时还涉及该检测方法的应用，属于鸡遗传育种技术领域。

背景技术

在畜禽的遗传育种中，应用分子标记的现代育种技术是加快良种选育和 提高种群遗传品质，从而增加畜禽生产性能先进的有效的方法。应用分子标 记育种首先是在DNA水平上筛查和检测与鸡经济性状密切相关的遗传标记； 其次是建立其基因多态性的快速检测方法；然后实现遗传标记辅助选择和实 现早期诊断选择。

单核苷酸多态性(SNP)被认为是继第一代限制性多态性标记、第二代微 卫星多态性标记之后的第三代基因遗传标记。通常所说的SNP包括碱基的插 入、缺失以及重复序列拷贝数的变化。基因组DNA几个碱基的插入或缺失不 同于DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。对于单 个碱基的转换(以一种嘧啶置换另一种嘧啶或一种嘌呤置换另一种嘌呤)以 及颠换(嘌呤与嘧啶互换)所引起多态性的检测方法，最常见的有单链构象 多态技术(SSCP)、PCR-RFLP和直接测序技术等。但SSCP操作繁琐、耗时 长，影响因素较多，且实验过程中存在假阴性问题，所以，并非理想的SNP 检测手段；PCR-RFLP方法要求待测多态性位点是某一特定酶切位点，应用范 围局限；直接测序技术成本较高。且上述方法不适用于基因组DNA几个碱基 的插入/缺失多态的检测，对于基因组DNA序列插入缺失的检测，许多研究运 用了PCR-RFLP方法或PCR与琼脂糖检测相结合的方法，PCR-RFLP方法需要 一种针对突变位点的特殊的内切酶，且酶切产物最终还需用琼脂糖或聚丙烯 酰胺电泳检测，成本较高，耗时长。PCR与琼脂糖检测的方法可以检测基因大 片段序列的插入/缺失，但对于几个bp的插入/缺失难以判型。总之，需要探索 一种快速检测基因组DNA序列中几个核苷酸插入/缺失多态的检测方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种鸡内脂素基因9bp indel多态性检测方法。

本发明的技术方案在于采用了一种鸡内脂素基因9bp indel多态性检测方 法，该方法包括以下步骤：

(1)依据鸡内脂素基因9bp indel位点在基因组序列中的位置，以鸡内脂素 基因序列设计一对引物；

(2)以包含鸡内脂素基因的DNA序列为模板进行PCR扩增；

(3)通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测鸡内脂素基因9bp indel多态性，当鸡内 脂素基因第10内含子缺失9bp时，其PCR扩增产物为一条带，将其命名为DD 基因型；当鸡内脂素基因第10内含子包含9bp的插入时，其PCR扩增产物为 一条带，且比DD基因型的PCR扩增产物多9bp，将其命名为II基因型；而 该位点杂合的个体，其PCR扩增产物为两条带，将其命名为ID基因型。

步骤(1)中所述的引物序列为：

PF：5′-GTGGTAGTGAGAGATAGCAGAAGG-3

PR：5′-AGTGAGACGCCGTTTCTAGTTC-3′；

由此，步骤(3)中所述的PCR扩增产物的长度分别是DD基因型为273bp， II基因型为282bp，ID基因型为282bp和273bp两条带。

所述的鸡内脂素基因其9bp(‘TAACCTGTG’)indel位点在鸡(Gallus)基 因组序列的第26128-26136碱基(如序列表中所示)，其中鸡基因组序列在 Genebank中的登陆号为NC_006088。

所述的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，所用的凝胶浓度为10％或12％。

本发明的目的还在于提供一种鸡内脂素基因9bp indel多态性检测方法的 应用。

本发明的技术方案还在于采用了一种鸡内脂素基因9bp indel多态性检测 方法的应用，所述的检测方法可用于鸡的辅助选择和分子育种。通过将基因 型与鸡的不同性状进行关联性分析，确定基因与性状的对应关系，用于鸡的 分子育种。

所述的性状为经济性状，包括体尺性状、屠宰性状和肉质性状。