[发明专利]一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法

权利要求书

1.一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法，其特征在于它的挖掘过程为：

步骤A：下载EST数据库和UniGene数据库，并对所述的UniGene数据库中的EST序列信息按照物种类型进行分类，接下来执行步骤B；

步骤B：对所述的EST文库注释信息进行信息检索，进而对EST文库注释信息进行分类，接下来执行步骤C；

步骤C：根据EST文库注释信息的分类信息计算表达基因UniGene转录组的EST表达量，接下来执行步骤D；

步骤D：对所获得的表达基因UniGene转录组的EST表达量进行超几何分布检验，计算获得表达基因UniGene转录组差异表达的超几何分布检验值P-value，接下来执行步骤E；

步骤E：采用FDR方法调整表达基因UniGene转录组差异表达的超几何分布检验值P-value，接下来执行步骤F；

步骤F：设置表达基因UniGene转录组差异表达的超几何分布检验值P-value阈值为0.01，筛选异常状态响应基因，接下来执行步骤G；

步骤G：利用RT-PCR技术验证所筛选出的异常状态响应基因为与性状相关的诱导基因。

2.根据权利要求1所述的一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法，其特征在于所述步骤B的具体过程为：首先，收集生物体异常状态的关键词，用所收集的每一个生物体异常状态的关键词在EST文库注释信息中进行信息检索，筛选异常状态EST文库，并提取异常状态EST文库的ID，然后，收集生物体正常状态的关键词，用所收集的每一个生物体正常状态的关键词在所述的EST文库注释信息中进行信息检索，筛选正常状态EST文库，并提取正常状态EST文库的ID，所述的在EST文库注释信息中进行信息检索的检索项包括主题TITLE、发育状态DEVELOPMENTAL_STAGE和组织VERBATIM_TISSUE三项。

3.根据权利要求1所述的一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法，其特征在于所述步骤C的具体过程为：根据EST文库注释信息的分类信息，从所述UniGene数据库中的UniGene转录组文件中提取表达基因UniGene转录组的正常状态EST序列信息的条数和异常状态EST序列信息的条数进行计数，同时对所述UniGene转录组文件中的所有的UniGene转录组的正常状态EST序列信息的条数和所述UniGene转录组文件中的所有的UniGene转录组的异常状态EST序列信息的条数进行计数，将上述所获得的EST序列信息的所有计数信息转化为EST表达量。

4.根据权利要求1所述的一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法，其特征在于所述步骤C的具体过程为：根据UniGene数据库中按照EST文库注释信息的分类信息对UniGene转录组文件中所有的UniGene转录组所完善建立的EST序列信息，直接提取EST序列信息的所有计数信息，将所述计数信息转化为相应的EST表达量。