[发明专利]结构限定的适配子的直接选择

权利要求书

1.包含多个适配子候选物的适配子文库，所述每个适配子候选物长度基本相同，并且具有一级结构和预先选定的二级结构，所述一级结构包含至少一个其中m个位置的核苷酸处于变化中的可变核苷酸序列，所述二级结构包含至少一个单链区和一个双链区，其中所述可变序列至少是所述单链区的一部分，并且

其中对于每100pmol所述适配子候选物而言，平均至少表现了大约三拷贝的每种可能的可变序列。

2.权利要求1的适配子文库，其中对于每100pmol所述适配子候选物而言，平均至少表现了大约6拷贝的每种可能的可变序列。

3.权利要求1的适配子文库，其中m至少大约是5。

4.权利要求1的适配子文库，其中每个适配子候选物长度大约是50-60个核苷酸，并且其中的m大约是25或更小。

5.权利要求1的适配子文库，其中所述每个适配子候选物具有共有的二级结构。

6.权利要求1的适配子文库，其中所述每个适配子候选物包含选自以下的寡核苷酸：DNA、RNA、PNA、修饰的核苷酸及上述任何的混合物。

7.权利要求1的适配子文库，其中所述适配子文库包含至少10⁹个不同的成员。

8.权利要求1的适配子文库，其中所述每个适配子候选物长度在100个核苷酸以下。

9.权利要求1的适配子文库，其中所述每个适配子候选物长度在75个核苷酸以下。

10.权利要求1的适配子文库，其中所述每个适配子候选物长度在50个核苷酸以下。

11.权利要求1的适配子文库，其中所述适配子文库包含多个多联适配子。

12.权利要求11的适配子文库，其中所述多联适配子包含两个或更多个相同的二级结构。

13.权利要求11的适配子文库，其中所述多联适配子包含两个或更多个不相同的二级结构。

14.权利要求11的适配子文库，其中所述多联适配子包含相同和不相同二级结构的组合。

15.权利要求1的适配子文库，其中所述预先选定的二级结构包含发夹环、凸环、内部环、多分支环、假结节或它们的组合。

16.权利要求1的适配子文库，其中所述可变序列在某些位置具有随机化的核苷酸，而在其它位置具有不变的核苷酸。

17.权利要求1的适配子文库，其中所述可变序列包含在所有位置随机化的核苷酸。

18.权利要求1的适配子文库，其中所述可变序列完全在所述单链区内。

19.权利要求1的适配子文库，其中所述可变序列包含在所述双链区内位置的核苷酸并且距所述单链区末端在3个核苷酸以下。

20.微阵列芯片，包含权利要求1的适配子文库。

21.鉴定与靶标结合的适配子的方法，包括以下步骤：

(a)提供包含多个适配子候选物的适配子文库，所述每个适配子候选物具有长度基本相同的一级结构和预先选定的二级结构，所述一级结构包含至少一个其中核苷酸在m个位置处于变化中的可变核苷酸序列，所述的二级结构包含至少一个单链区和一个双链区，其中所述可变序列至少是所述单链区的一部分，

其中对于每100pmol的适配子候选物而言，平均至少表现了大约三拷贝的每种可能的可变序列；

(b)在允许所述适配子文库成员与所述靶标结合的缓冲条件下使所述适配子文库与靶标接触；

(c)分离至少一个被所述靶标结合的所述适配子文库的成员，并且

(d)测定所述被结合适配子候选物的所述可变序列。

22.权利要求21的方法，其中对于每100pmol的所述适配子候选物而言，平均至少表现了大约6拷贝的每种可能的可变序列。

23.权利要求21的方法，其中m至少是大约5。

24.权利要求21的方法，其中所述的每个适配子候选物长度大约是50-60个核苷酸，并且其中的m大约是25或更小。

25.权利要求21的方法，在步骤(c)之后还包括扩增步骤。