[发明专利]通过竞争PCR测定DNA拷贝数目的方法

权利要求书

1.用于测定研究物种的DNA中特定的试验基因座上的拷贝数目的方法，所述方法包括以下步骤：

(i)使所述研究物种的DNA样品(研究样品)和至少一个竞争物样品共扩增，所述DNA样品包含试验基因座，所述竞争物样品包含得自紧密相关的物种的同源DNA序列；

(ii)使用至少一种合适的分子检测靶向所述同源DNA序列内的在两个物种之间非保守的核苷酸，从而区分所述研究样品和竞争物样品的DNA序列；

(iii)对于靶向非保守的核苷酸的各检测，定量所述研究物种中存在的DNA的量；以及

(iv)测定在所述研究物种中的试验基因座上的DNA拷贝数目的定量评估值；

其中所述竞争物样品包含与所述研究物种的DNA序列同源的DNA，并含有至少一个非保守的核苷酸，从而可以通过至少一种合适的分子检测区分所述研究样品和竞争物样品。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述研究样品包含多于一个试验基因座。

3.如权利要求1或者权利要求2所述的方法，其中所述研究样品包含来自所述研究物种的个体的至少一条染色体或者整个基因组的DNA，或者所述研究样品包含由所述研究物种的个体的至少一条染色体或者整个基因组组成的DNA。

4.如权利要求1到3任一项所述的方法，其中所述试验基因座或者多个基因座在所述方法进行之前预先确定为目标区域。

5.如权利要求1到3任一项所述的方法，其中所述试验基因座或者多个基因座此前是未知的。

6.如权利要求1到5任一项所述的方法，其中所述试验基因座为DNA序列，该序列的拷贝数目变异(拷贝增加或者拷贝损失)与所述研究物种中的表型变异有关。

7.用于诊断疾病或者特定表型的方法，所述疾病或者特定表型已知与研究物种的基因组中特定的染色体DNA序列(试验基因座)的DNA拷贝数目的变化有关，所述方法包括：

(i)使所述研究物种的DNA样品(研究样品)和至少一个竞争物样品共扩增，所述样品包含试验基因座，所述竞争物样品包含得自紧密相关的物种的同源DNA序列；

(ii)使用至少一种合适的分子检测靶向在所述同源DNA序列内的在两个物种之间非保守的核苷酸，从而区分所述研究样品和竞争物样品的DNA序列；

(iii)对于靶向非保守的核苷酸的各个检测，定量所述研究物种中存在的DNA的量；以及

(iv)测定所述研究物种中试验基因座上的DNA拷贝数目的定量评估值；

其中所述竞争物样品包含与所述研究样品的DNA序列同源的DNA，并含有至少一个非保守的核苷酸，从而可以通过至少一种合适的分子检测区分所述研究样品和竞争物样品，并且其中在所述试验基因座上的DNA拷贝数目的增加或者损失与所述疾病或表型有关。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述试验基因座为DNA序列，该序列的拷贝数目变异(拷贝增加或者拷贝损失)与所述研究物种中的表型变异有关，如帕金森病，DiGeorge综合征(22q11DS)，癌症，Charcot-Marie Tooth，CYP450代谢。

9.测定基因组DNA中的拷贝数目变异(CNV)与疾病或者症状的联系的方法，所述方法包括：

(i)使来自具有所述疾病或者症状的研究物种的患者的DNA样品(研究样品)与至少一个竞争物样品共扩增，所述竞争物样品包含得自紧密相关的物种的同源DNA；

(ii)使用至少一种合适的分子检测靶向在所述同源DNA序列内的在两个物种之间非保守的核苷酸，从而区分研究样品和竞争物样品的DNA序列；

(iii)对于靶向非保守的核苷酸的各检测，定量所述研究物种中存在的DNA的量；以及

(iv)测定在所述研究物种中的一个或者多个试验基因座上的DNA拷贝数目的定量评估值，其中在试验基因座上的拷贝数目变异可以指示与所述疾病或者症状的联系；

其中，所述竞争物物种的DNA序列与所述研究物种的DNA序列是同源的，并且含有至少一个非保守的核苷酸，从而可以通过至少一种合适的分子检测区分所述研究序列及竞争物序列。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述试验基因座此前是未知的。