[发明专利]用于分析测序数据的方法和系统

权利要求书

1.一种鉴定靶核酸的来源的方法，所述方法包括以下步骤：

(a)启动测序过程以确定靶核酸或其片段的核苷酸序列，由此产生靶核酸至少一部分的核苷酸序列；

(b)在终止测序过程前，比较所述靶核酸至少一部分的核苷酸序列与来自指定生物的参照核苷酸序列群，从而使用指定的阈值鉴定与所述靶核酸至少一部分的核苷酸序列相匹配的参照核苷酸序列的亚群；和

(c)确定所述参照核苷酸序列亚群是否允许充分鉴定靶核酸的来源，其中如果参照核苷酸序列亚群不允许充分鉴定靶核酸的来源，则继续测序过程并重复步骤(b)和(c)，并且如果参照核苷酸序列亚群允许充分鉴定靶核酸的来源，则终止测序过程。

2.权利要求1的方法，其中在充分鉴定靶核酸的来源之后，但是在靶核酸完全测序之前，终止所述测序过程。

3.权利要求1的方法，其中所述测序过程是自动化过程。

4.权利要求1的方法，其中所述测序过程对一个靶核酸进行。

5.权利要求1的方法，其中所述测序过程对多个靶核酸同时进行。

6.权利要求5的方法，其中所述多个靶核酸包含具有不同核苷酸序列的靶核酸。

7.权利要求1的方法，其中所述测序过程在阵列表面上对多个靶核酸平行地进行。

8.权利要求7的方法，其中所述多个靶核酸包含具有不同核苷酸序列的靶核酸。

9.权利要求1的方法，其中所述靶核酸从宏基因组样品获得。

10.权利要求1的方法，其中参照核苷酸序列群内的参照核苷酸序列与所述指定生物的特定种相关联在数据库中创建索引。

11.权利要求10的方法，其中参照核苷酸序列群内的参照核苷酸序列与所述指定生物的特定亚种相关联在数据库中进一步创建索引。

12.权利要求1的方法，其中所述参照核苷酸序列群内的参照核苷酸序列与一组或多组生物相关联在数据库中创建索引。

13.权利要求1的方法，其中所述参照核苷酸序列群内的参照核苷酸序列根据与多组生物的分级相关性在数据库中创建索引。

14.权利要求13的方法，其中所述多组生物是系统发生相关的。

15.权利要求1的方法，其中所述靶核酸包含编码RuBisCo、NifH、亚硫酸还原酶、线粒体核酸或16S rRNA的核酸的至少一部分。

16.权利要求1的方法，其中所述测序过程包括基于阵列的测序。

17.权利要求1的方法，其中所述测序过程包括选自杂交测序、合成测序和连接测序的过程。

18.权利要求1的方法，其中所述靶核酸至少一部分的核苷酸序列与参照核苷酸序列群的比较使用启发式算法进行。

19.权利要求18的方法，其中所述算法包括BLAST算法或FASTA算法。

20.权利要求1的方法，其中所述指定的阈值是用户指定的阈值。

21.权利要求1的方法，其中所述阈值使用一个或多个参数确定。

22.权利要求21的方法，其中所述一个或多个参数包括核苷酸序列同一性百分比。

23.权利要求1的方法，其中如果所述参照核苷酸序列亚群内的至少指定百分比的参照核苷酸序列来自相同属的生物，则该亚群允许充分鉴定靶核酸的来源。

24.权利要求1的方法，其中如果所述参照核苷酸序列亚群内的至少指定百分比的参照核苷酸序列来自相同种的生物，则该亚群允许充分鉴定靶核酸的来源。

25.权利要求1的方法，其中如果所述参照核苷酸序列亚群内的至少指定百分比的参照核苷酸序列来自相同亚种的生物，则该亚群允许充分鉴定靶核酸的来源。