[发明专利]用于产生马库什结构专利权利要求内的虚拟化合物链接库的方法

说明书

技术领域

本发明涉及一般化学结构描述的分析、表征及比较，且更特别涉及化合物识别，所述化合物展示相似于物质专利的组成中特别要求的化合物的特性或者相似于例示一般化学结构描述的范围的化合物的特性。

技术背景

世界各地所进行的并且每天在许多外语期刊所刊登的研究活动正延展当前专利审查系统的容量。为响应此，许多国内以及国际专利系统主动评估当前专利实务的改变。在这些改变中，建议专利申请人不仅应当承担识别且提交针对可专利性视为先有技术的材料的责任，还应当指出发明为何相对于先有技术文献具有可专利性。例如：美国专利及商标局考虑过在提交信息公开声明(IDS)之外附加额外要求，并且是要求专利申请人具体指出针对该发明可专利性的材料在先有技术文献中的相关段落。尽管这类计划的规则改变目前尚未生效，然而该现象的开始将实质上新的分析负担强加于试图使信息得到国内以及国际专利审查机关注意的专利申请人。

据此，对于基于研究的投资活动，预期与保护基于知识产权的投资活动相关的先有技术分析的重要性将增加。此外对于具有长期产品研发周期的化学和生化产业，建立产品的稳固知识产权保护是特别重要的。为符合公开的要求，此产业部门面临解读经通用化学结构表示方式(经常又被称为马库什(Markush)结构)编码的先有技术的问题。不幸地是，当前用于基于先有技术信息分析马库什结构的方法是耗费时间并且容易出错。针对这些缺点，美国专利申请公开案第2009-0132464号描述了一种马库什结构列举技术。本发明结合该技术改善确定出现在物质专利的化学组成和专利数据库中的以马库什结构表示方式和/或其它表示方式的衍生形式为形式的知识产权信息的速度和准确性。

发明内容

简言之，一种机器实施方法，其产生展示与例示性化合物具有特定程度的结构相似性的化学结构集库。从专利提取特定实例。分子结构指纹是针对特定实例进行计算的。从专利数据库取得马库什结构拓朴信息。使用从该专利数据库所提取的马库什结构拓朴信息来列举虚拟链接库。例示性化合物的分子结构指纹相似性是通过将指纹与由随机列举的化合物集合计算的分子指纹进行对比予以识别。然后选出经随机列举的化学结构的子集合，其展示在针对由例示性化合物计算的指纹使用者所预定的相似性范围内的相似性范围。

附图说明

图1是用于确定一般化学结构描述的内容的程序的概略流程图；以及

图2是用于产生展示结构相似性的化合物集库的系统的示意图。

发明内容

在常规实践描述与物质组成相关的特性或实用信息中使用一般化学结构的表示方式。这些表像、表征物质组成的一般化学结构通常由改变以下事项的描述组成：

1.化学结构主干(类)的原子构成，和/或

2.接合至常见结构核心的具有不同特性(取代基团)的结构片段。

因为这些一般化学结构的描述提供一种用于叙述具有相似特性的物质组成的变体的有效方法，所以这些一般化学结构表像是经常被使用在专利申请案中、并且更普遍地还用于捕捉与结构上相关的化学组成相关的结构特性关系信息。参看例如于1924年8月26日所公开的Markush E.A的美国专利案第1,506,316号。

取决于给定属中的接合点数目，此方法通常产生起始点的多样性，每一个起始点均具有各自独立的分子架构。然后依据专利权利要求语言通过连续地将片段接合于特定分子拓扑，由这些起始点的任一个能够产生各自独立的种属(单种化合物)。此方法在各个接合点重复进行，直到用尽由专利权利要求语言所定义的所有条件(参看例如John M.Barnard、Geoff M.Downs、Annette von Scholley-Pfab和Robert D.Brown，Journal of Molecular Graphics and Modeling，Volume 18，Issues 4-5，2000，第452-463页)。

此评估频繁要求对用于叙述具有相似物理化学特性的化学结构片段集库的开放式且不明确术语进行解读。例如：上位术语“烷基”描述了在链长和碳原子排列上具有变化的无限数目个碳原子(每个碳原子潜在承载取代基的四个不同组合)之间的无限数目种排列。同样地，上位术语“杂芳基”编码了其中每一个环系统包含一个或多个杂原子的近乎无限数目个芳香族碳基环系统。(参看例如Burton A.Leland等人，J.Chem.Inf.Comput.Sci.；Volume 3，Issue，1997，第62-70页)。