[发明专利]用于诊断和治疗卵巢癌的基于microRNA 的方法和组合物

说明书

发明人：David E.Cohn，Kimberly E.Resnick，Hansjuerg Alder，Carlo M.Croce

交叉引用相关申请

本申请要求2008年12月28日提交的美国临时申请案61/120,123的权益，其全部公开内容明确地通过引用合并入本文。

关于联邦政府支助的研究的声明

本发明是在无政府支助的情况下进行的，因此政府在本发明中不具有权利。

本发明的技术领域和工业适用性

本发明总地说来涉及分子生物学领域。本发明的某些方面包括在卵巢癌相关病症的诊断、治疗和预后中的应用。

背景

不承认本部分中公开的背景技术在法律上构成现有技术。

在2008年，预期20，180个妇女被诊断为患有卵巢癌并且15,310个将死于该疾病[1]。卵巢癌是其中只有20％的患者被诊断为患有I期疾病的毁灭性疾病[2]。与卵巢相关的不良预后是多因素导致的：缺乏最低限度地侵袭性早期检测测试，微妙的症状发展和肿瘤的化学抗性。即使出现了化学抗性测定，仍然难以预测药物抗性并且只有10-15％的患者将在初步细胞毒性疗法后保持缓解期延长。

虽然已广泛实行每年一次的骨盆检查，但其缺乏用作卵巢癌的筛查策略所需的灵敏度[3]。处于患卵巢癌的高风险中的妇女通常可利用经阴道超声和血清CA-125进行筛查。然而，CA-125仍然是用于早期疾病的较差标志物，具有40％的记录的灵敏度[4，5]。此外，已显示即使在高风险的经筛查的群体中，新发病例(incident case)仍然更可能是晚期[6]。可帮助确定治疗计划和预测化疗结果的生物标志物(biomarker)的鉴定在该患者群体中是高度期望的。

存在关于microRNA在各种病理状况中的作用的新出现的研究，所述病理状况包括实体恶性肿瘤和恶性血液病。MicroRNA(miRNA)是小的22-25个核苷酸的非编码RNA序列。此类序列通过在靶向3′UTR后对信使RNA转录物的翻译抑制或降解来控制基因表达。利用漂亮新小杆线虫(Caenorhabditis elegans)的早期研究显示，大量的此类序列在所有物种中是高度保守的，这证明miRNA在细胞分化、增殖和细胞周期控制中起重要作用[7]。现已公认，miRNA在恶性肿瘤中频繁地失调。表达不足的miRNA例如肺癌中的let-7和白血病中的mir-15/16是分别抑制Ras和BCL2的肿瘤抑制基因[8，9]。过表达的miRNA例如mir-21和簇mir-17-92是分别靶向实体恶性肿瘤和恶性血液病中的肿瘤抑制基因PTEN和E2F1的癌基因(oncomirs)[10，11]。虽然妇科恶性肿瘤的miRNA研究处于初级阶段，但最近已公布了卵巢癌的miRNA特征谱[12-14]。

最近已揭示循环RNA在良性和恶性状况中的诊断和预后效用。胎盘相关循环miRNA与妊娠进展(pregnancy progression)相关[15]。在恶性状态中，已显示肾细胞癌患者的循环mRNA[16]以及来自患有弥漫性大B细胞淋巴瘤的患者的血清的miRNA[17]稳定并且高效地预测恶性肿瘤以及存活。最近已显示，卵巢癌患者的循环肿瘤外来体(exosome)的miRNA特征显示与原发性肿瘤的miRNA表达的高度关联性[18]。卵巢癌仍然是高度期望具有针对其的改进的非侵袭性血清筛查测试的疾病。

尽管对治疗此类疾病的疗法进行了相当多的研究，但它们仍然难以有效地诊断和治疗，并且在患者中观察到的死亡率表明，卵巢癌的诊断、治疗和预防需要改进。

概述

在第一广泛的方面，本文中提供了方法，其诊断受试者是否患有卵巢相关病症或处于发生卵巢相关病症的风险中，确定患卵巢相关病症的受试者的预后和/或治疗患有卵巢相关病症的受试者的卵巢相关病症，其包括：测量来自受试者的血清测试样品中至少一种生物标志物的水平，其中相对于对照样品中相应生物标志物的水平，测试样品中的生物标志物的水平的改变表示受试者患有所述病症，或处于发生所述病症的风险中。

在某些实施方案中，所述至少一种生物标志物在肿瘤组织与非肿瘤组织之间差异表达，并且为miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a、miR-155、miR-127和miR-99b或其功能变体中的一种或多种。

在某些实施方案中，测试样品中生物标志物的水平高于对照样品中相应生物标志物的水平。