[发明专利]利用抗脂类抗体晶体结构的抗体设计

权利要求书

1.一种晶体合成物，包含一种抗脂类抗体或其片段，其中该脂类是一种生物活性脂类，视需要是一种鞘脂类或一种溶血性脂类，并且其中该抗脂类抗体或其片段，视需要是一种单克隆抗脂类抗体或其片段，其中该片段视需要可以是一种Fab片段。

2.根据权利要求1所述的晶体合成物，其特征是还包含一种该抗体的脂类配体。

3.根据权利要求1所述的晶体合成物，其特征是还包含至少有一个共因子、盐或金属。

4.根据权利要求1所述的晶体合成物，其特征是包含一种通过与在表10或表11中所示的相配的一组结构来定义的抗脂类抗体。

5.根据权利要求1所述的晶体合成物，其特征是包含一种抗体Fab片段的共结晶及其生物活性脂类配体。

6.一种包含一种存储计算机可读数据的存储介质的计算机可读存储介质，其中该数据包含与源自根据权利要求1所述的结晶的全部或选定部分的抗脂类抗体或其片段相配的结构，其中，数据视需要可以包含与表10或表11所示相配的结构的所有或选定部分。

7.根据权利要求1所述的晶体合成物，其作用是：

a.确定该抗体的结构；

b.确定该抗体或其片段、或该抗体的变异体或该抗体变异体的片段的配体结合特点；

c.设计一种抗体或其片段与脂类，视需要是一种生物活性脂类，的特异性反应；和/或

d.优化或改变一种单克隆抗体对一种脂类的亲和力。

8.根据权利要求2所述的晶体合成物，一种包含含有该抗体或该抗体片段及其脂类配体的共结晶的制备方法，包含：

a.提供一种抗脂类单克隆抗体或其片段，视需要是一种Fab片段；

b.在抗体-配体或抗体片段-配体复合物形式的条件下，结合该体抗体或其片段与一种额外的该脂肪配体；及

c.在抗体-配体或抗体片段-配体共结晶形式的条件下，孵化该抗体-配体或抗体片段-配体复合物，从而制备一种抗体或抗体片段及其脂类配体的共结晶。

9.根据权利要求8所述的抗体或抗体片段及其脂类配体的共结晶的制备，其特征是该脂类视需要是一种生物活性脂类，视需要是一种鞘脂类或一种溶血性脂类。

10.一种对脂类的优化抗体的设计方法包含：

a.提供一种一级人性化抗脂类抗体的重链或轻链的至少一个可变区的氨基酸序列，其中该抗脂类抗体对一级脂类、视需要是一种鞘脂类或一种溶血性脂类是特异性的，并且其中在可变区内视需要至少一个互补-决定区是确定的；

b.用不同的氨基酸序列在至少一个可变区内替换一个或多个氨基酸以产生一种变异氨基酸序列，其中该氨基酸替换是在互补-决定区内；

c.制备一种含有该变异氨基酸序列的二级人性化抗脂类抗体，其中该一级和二级人性化的抗脂类抗体的氨基酸序列差异只在该变异氨基酸序列；

d.视需要通过分子模拟，ELISA或表面等离子体共振，确定一个或多个该二级人源化抗体的活性标准，其中至少一个该活性标准视需要是对该一级脂类的结合亲和力、对二级脂类的结合亲和力、或对该一级脂类的特异性或对二级脂类的特异性，其中该一级和二级脂类是不同脂类种类；以及

e.基于一个或多个活性标准选择一种优化的抗体，其中该优化的抗体是该二级人性化抗体，其中该方法视需要是在硅片中进行。

11.根据权利要求10所述的方法，其特征是还包含利用关于该结合该一级抗体和该一级脂类到一位点和/或选定的该氨基酸替换的三维结构信息，视需要，其中三维立体结构信息是分子模拟数据或X-射线晶体学数据。

12.根据权利要求15所述的制作一种优化的抗体。

13.根据权利要求10所述的方法，其特征是其中该一级人性化抗脂类抗体是LT1009，视需要其中该一个或多个被替换氨基酸是选自基团：所有的轻链的在位点30、31和32的天门冬氨酸、在位点50的谷氨酸、在位点92的天门冬氨酸、在位点94的亮氨酸和在位点96的苯丙氨酸；以及所有的重链的在位点33的苏氨酸、在位点35的组氨酸、在位点50的丙氨酸、在位点52的丝氨酸、在位点54的组氨酸、在位点56的异亮氨酸、在位点58的赖氨酸、在位点97的苯丙氨酸、在位点98的酪氨酸、在位点100A的苏氨酸或在位点100C的色氨酸。