[发明专利]核酸模板的分类

权利要求书

1.一种鉴定修饰的方法，该方法包括：

a)提供含有修饰的模板核酸；

b)提供能加工该模板核酸的酶；

c)使模板核酸与酶接触；

d)监测酶加工模板核酸的过程；以及

e)检测加工过程中的变化，所述变化是修饰的指示，从而鉴定所述修饰。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述修饰选自下组：甲基化碱基、7，8-二氢-8-氧鸟嘌呤碱基、2’-O-甲基衍生碱基、缺口、脱嘌呤位点、嘧啶二聚体、顺式模板交联、氧化损伤、水解损伤、大碱基加成、胸腺嘧啶二聚体、光化学反应产物、链间交联产物、错配碱基、二级结构或试剂结合。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述修饰是甲基化的胞嘧啶或腺嘌呤碱基。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述模板核酸包含单链部分和双链部分。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述双链部分是模板核酸二个分离部分间互补结合的结果。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述模板核酸包括含有修饰的第一多聚核苷酸区域和与第一多聚核苷酸区域互补的第二多聚核苷酸区域，其中第一多聚核苷酸区和第二多聚核苷酸区位于该模板核酸的一条链上。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述模板核酸在接触前经过处理以改变所述修饰。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述处理选自下组：糖基化酶修饰、亚硫酸氢盐修饰、DMS修饰、胞嘧啶甲基转移酶修饰、TET1修饰、限制性酶修饰和胞苷脱氨酶修饰。

9.如权利要求8所述的方法，其特征在于，所述处理是糖基化酶修饰将所述修饰转变为脱碱基位点；并且其中所述加工使新生核酸链合成中掺入非天然核苷酸类似物与脱碱基位点相对。

10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述非天然核苷酸类似物含有可检测标记，所述标记将所述非天然核苷酸类似物的掺入与新生核酸链内其它核苷酸对掺入区分开。

11.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述非天然核苷酸类似物是嵌二萘类似物。

12.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述非天然核苷酸类似物是可掺入性非天然核苷酸类似物和非掺入性非天然核苷酸类似物的混合物。

13.如权利要求12所述的方法，其特征在于，所述非掺入性非天然核苷酸类似物与所述脱碱基位点结合多次，然后掺入一个可掺入性非天然核苷酸类似物。

14.如权利要求8所述的方法，其特征在于，所述处理是DMS修饰，该修饰是模板核酸的二级结构或某试剂结合于模板核酸。

15.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述模板核酸是环形核酸。

16.如权利要求15所述的方法，其特征在于，所述加工是滚动循环合成新生核酸链。

17.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述模板核酸是RNA或DNA分子。

18.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述酶是聚合酶。

19.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述聚合酶选自下组：DNA聚合酶、RNA聚合酶、逆转录酶、和它们的衍生物。

20.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述聚合酶是含有选自下组：K392、K422、I93、M188、K392、V399、T421、K422；S95、Y101、M102；Q99、L123、K124、T189、A190；G191、S388；P127、L384、N387、S388和L389、Y390及G391位点中至少一个突变的Φ29聚合酶。

21.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述聚合酶显示有链置换活性。

22.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述加工过程引起新生核酸链的合成。

23.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述加工是单分子测序列反应。