[发明专利]对包括结肠直肠癌细胞的样品进行分型的方法和装置

权利要求书

1.一种对患有结肠直肠癌或怀疑患有结肠直肠癌的个体的RNA样本进行分型的方法，所述方法包括：

a.提供从所述个体的组织样本制备的RNA样本，所述组织样本包括结肠直肠癌细胞或怀疑包括结肠直肠癌细胞；

b.确定所述RNA样本中的一个基因组的RNA水平；和

c.根据所述基因组确定的RNA水平对所述RNA样本进行分型；其中，所述基因组包括表1中列出的至少两个基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述基因组包括表1中列出的至少十个基因。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述基因组包括MCTP1、LAMA3、CTSC、PYROXD1、EDEM1、IL2RB、ZNF697、SLC6A12、IL2RA、CYXIP2、PIM3、LIF、M6PRBP1、CA438802、HSD3B1、ZBED4、PPARA、THNSL2。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，通过微阵列分析确定所述RNA水平。

5.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，还包括归一化所述样本中的所述基因组确定的RNA水平。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述结肠直肠癌包括根据TNM分期系统的TNM I期、TNM II期或TNM III期癌症。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述分型区别具有低转移潜力的癌细胞和具有高转移潜力的癌细胞。

8.一种对患有结肠直肠癌的个体进行分类的方法，包括：

通过以下方法将所述个体分类为具有不良预后或良好预后，所述方法包括：

(a)提供由所述个体的组织样本制备的所述个体的RNA样本，所述组织样本包括结肠直肠癌细胞或怀疑包括结肠直肠癌细胞；

(b)确定包括所述样本中的表1列出的至少两个基因的基因组的RNA水平；

(c)确定所述个体的基因组的表达水平与初始诊断5年内无疾病复发的患者的所述基因组的表达水平之间的相似性值；并且

(d)如果所述相似性值低于第一相似性阈值，将所述个体分类为具有不良预后，如果所述相似性值高于所述第一相似性阈值，将所述个体分类为具有良好预后。

9.根据权利要求8所述的方法，归一化所述基因组的确定的RNA水平。

10.一种为患有结肠直肠癌的个体分配治疗的方法，包括：

(a)根据权利要求8或权利要求9将所述个体分类为具有良好预后或不良预后；

(b)如果所述个体被分类为具有所述不良预后，则分配化疗。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述结肠直肠癌包括结肠癌。

12.一种形成结肠直肠基因标志用于对患有结肠直肠癌或怀疑患有结肠直肠癌的个体的RNA样本进行分型的方法，包括确定从非MSI结肠直肠癌获得的RNA样本中与无远处转移存活期相关的基因组。

13.一种形成结肠直肠基因标志用于对患有结肠直肠癌或怀疑患有结肠直肠癌的个体的RNA样本进行分型的方法，包括确定在B-Raf的600位置具有缬氨酸的结肠直肠癌样本获得的RNA样本中与无远处转移存活期相关的基因组。

14.一种核苷酸微阵列，包括总共100至12000之间的核酸分子，所述核酸分子中至少两个能够杂交于包括表1中列出的至少两个基因的基因组。

15.根据权利要求14所述的阵列在区别具有低转移潜力和高转移潜力的结肠直肠癌细胞中的应用。