[发明专利]通过监测两种基因的表达的乳腺癌患者的预后无效
申请号: | 200980158190.7 | 申请日: | 2009-01-21 |
公开(公告)号: | CN102361990A | 公开(公告)日: | 2012-02-22 |
发明(设计)人: | 斯特凡诺·毕可罗;米开朗琪罗·考德恩奥恩斯;马达莱纳·阿多尔诺;西尔维奥·比西阿托 | 申请(专利权)人: | 帕多瓦大学 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 北京安信方达知识产权代理有限公司 11262 | 代理人: | 陶贻丰;郑霞 |
地址: | 意大利*** | 国省代码: | 意大利;IT |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 通过 监测 基因 表达 乳腺癌 患者 预后 | ||
1.一种评估乳腺癌患者的复发风险的方法,所述方法包括检测样品 中单独的或与Sharp1(基因ID=79365)组合的CyclinG2(基因ID=901) 基因表达的水平。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述检测包括测量信号并获取 信号。
3.根据权利要求1-2所述的方法,还包括以下步骤:
-计算未知样品中单独的CyclinG2的标签评分,或,优选地,CyclinG2 和Sharp1二者的标签评分,其中所述标签评分被定义为:
当单独使用CyclinG2时K=1,且当使用CyclinG2和Sharp1二者时 K=2,为未知样品i中CyclinG2或Sharp1的表达水平,和分 别为在具有已知临床史的乳腺癌患者群体中所估算的单独的或与 Sharp1组合的CyclinG2表达水平的平均值和标准偏差值, 其中小于零或等于零的标签评分表明乳腺癌复发的增高的风险。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法,其中所述检测通过分子方 法和/或免疫学方法来进行。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其中所述分子方法选自由 以下组成的组:PCR、微阵列分析、深度测序、RNA印迹。
6.根据权利要求5所述的方法,其中所述PCR是实时PCR或定量 PCR。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法,其中所述样品是乳腺癌活 检组织或分离自所述乳腺癌活检组织的核酸。
8.根据权利要求2-7中任一项所述的方法,还包括以下步骤:
-所获取的信号的质量控制,
-所述信号的标准化;
-任选的所述信号的尺度改变。
9.根据权利要求3-8中任一项所述的方法,还包括以下步骤:
i)在具有已知临床史的样品的群体中定义微小标签模板,所述微小标 签模板在于为Sharp1和CyclinG2的平均值和标准偏差和表达值;
ii)在未知样品中对于CyclinG2或对于CyclinG2和Sharp1基因表达 计算如权利要求3定义的标签评分;
iii)根据以下计算,当未知样品的标签评分为负时将其分类到微小标 签低组中或当未知样品的标签评分为正时将其分类到微小标签高组中:
其中和是未知样品中Sharp1和CyclinG2的表达水平,并 且和是覆盖由具有已知临床史的样品组成的 数据集计算的Sharp1和CyclinG2的估算的平均值和标准偏差,和
其中分类到微小标签低组中是乳腺癌患者癌症复发的高风险的指示。
10.根据权利要求8-9所述的方法,其中至少以下的步骤通过计算机 上运行的软件来进行:
-信号获取
-所获取的信号的质量控制,
-所获取的信号的标准化。
11.根据权利要求10所述的方法,其中如权利要求9定义的步骤i-iii) 也通过计算机上运行的软件来进行。
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