[发明专利]SX1近交系小鼠的DNA分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及DNA序列，具体涉及山西省自行培育的SX1近交系小鼠微卫星(SSR)位 点DNA分子标记及其应用。

背景技术

实验动物在生物医学和科学研究领域的应用日益广泛，实验动物的标准化问题也亟待解 决。预先了解不同品系或近交系的遗传纯度及背景信息，对于实验材料的选取和实验结果分 析都有很大帮助。国内外针对近交系实验动物的遗传质量控制均制定了相应的检测标准，但 检测方法多集中于形态学、染色体及蛋白水平。对于毛色相同的小鼠形态学鉴定较为困难， 而染色体和蛋白水平的鉴定所需样本量大，对饲养成本较大的近交系小鼠难以普及应用。

发明内容

本发明的目的是从小鼠基因组中克隆出SX1近交系小鼠特异的SSR位点，并用于SX1近 交系小鼠鉴定。

本发明通过大量筛选SSR分子标记，获得4个SX1近交系小鼠的SSR位点特征性DNA 条带，经对其克隆、测序和同源比较，确定D2Mit17，D9Mit18，D12Mit136和DXMit186四 个位点的特征性DNA序列，这些位点DNA序列可作为分子遗传学标记，用于SX1近交系小 鼠鉴别。

本发明获得的SX1近交系小鼠DNA分子标记，由核苷酸序列1、序列2、序列3和序列 4组成(见序列表)。

本发明发现该小鼠在4个位点D2Mit17，D9Mit18，D12Mit136和DXMit186的微卫星片 段长度与两个国际标准品系BALB/c和C57BL/6在这些位点的片段长度不一致。经进一步的 克隆、测序，获得SX1近交系小鼠在这些位点的特征性序列信息：D2Mit17包含28个TG重 复单元和19个AG重复单元；D9Mit18包含20个GT重复单元；D12Mit136包含28个CA 重复单元；DXMit186包含23个CA重复单元。

用4个SSR位点引物来扩增小鼠尾尖基因组DNA样本，经8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电 泳(PAGE)筛选，克隆测序，若获得4个特征性序列，为SX1近交系小鼠。

这4个SSR位点引物如下：

D2Mit17

上游引物AGGCAATTACAAGGCCTGG

下游引物CACCCATCTCCCTCAGTCAT

D9Mit18

上游引物TCACTGTAGCCCAGAGCAGT

下游引物CCTGTTGTCAACACCTGATG

D12Mit136

上游引物TTTAATTTTGAGTGGGTTTGGC

下游引物TTGCTACATGTACACTGATCTCCA

DXMit186

上游引物ATCAATGCATAGTATTTGGGCC

下游引物AATTTGTCACTGCGGGTAGG

本发明克服了常规形态标记，细胞标记及生化标记鉴定方法的不足，提供了对实验动物 小鼠快速、准确鉴定的分子标记方法。

具体实施方式

实施例1SX1近交系小鼠SSR位点DNA分子标记序列获得及应用

1、采用常规酚-氯仿法提取SX1近交系小鼠及两个标准品系BALB/c，C57BL/6尾尖总 基因组DNA。即剪取小鼠尾尖2-3mm，9g/L生理盐水洗净，剪碎，加入360μl TES，40μl 10％SDS，4μl Proteinase K(20mg/μl)，4μl RNase(10mg/μl)，充分混匀后，55℃消化过夜。 加入等体积饱和酚(pH7.6)缓慢混匀20min。10,000r/min离心10min。取上清液于另一EP 管中，加入等体积酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶1)缓慢抽提20min，10,000r/min离心10min。 取上清液于另一EP管中，加入等体积氯仿∶异戊醇(24∶1)缓慢抽提20min，10,000r/min 离心10min。取上清液于另一EP管中，加入2倍体积预冷无水乙醇-20℃放置2h。10,000r/min 离心5min。DNA沉淀于管底，用70％预冷乙醇洗涤2次。37℃烘干。溶于适量TE。

2、参照相关数据库Mouse Genome Database(http//www.informatics.jax.org)，获得19对微 卫星引物并由上海英潍捷基生物有限公司合成。