[发明专利]密码子优化的HIV-1gp120基因共有序列及gp120核酸疫苗

说明书

技术领域

本发明属于生物医药技术领域，涉及密码子优化的HIV-1gp120基因共有序列及gp120核酸疫苗。

背景技术

人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)是包膜(envelop，Env)病毒，每个病毒包膜的表面镶嵌由糖蛋白gp120和gp41形成的三聚体刺突。根据Env不同，HIV-1分为M，N和O三群。M群在全世界流行最广，根据全基因组被继续分9种亚型(A、B、C、D、F、G、H、J、K)，并呈现出地理上的区域分布特征。其中B亚型是最主要的流行亚型(主要发现于北美和欧洲)，A、D亚型主要流行于非洲，C亚型则分布于非洲和亚洲，这些亚型形成了代表HIV-1M群的系统进化树上的不同分化枝。我国的优势亚型(95％以上)为ThB亚型、B/C重组亚型和A/E重组亚型。ThB亚型主要流行区是河南和河北，A/E和B/C重组体主要流行区是广西和云南及新疆，B/C重组体也流行于四川省。在同一亚型/重组体内，不同的病毒株的Env，尤其是gp120，仍然呈现高度变异性。Gp120的高度变异以及由此导致的中和抗体免疫逃逸是HIV疫苗研制的重大挑战。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的上述不足，提供中国HIV-1流行病毒株包膜蛋白gp120共有氨基酸序列。

本发明的另一目的是提供经密码子优化的的编码中国HIV-1流行病毒株包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列。

本发明的又一目的是提供一种包含上述密码子优化的gp120基因序列的核酸疫苗。

我们从Genebank上收集了中国的HIV-1包膜蛋白gp120的氨基酸序列。应用ThB亚型、B/C重组亚型或者A/E重组亚型中不同病毒株的gp120进行多序列比对，获得针对每一个亚型的共有氨基酸序列。

本发明的技术方案是：

中国HIV-1流行病毒株(A/E重组亚型、B/C重组亚型和ThB亚型)包膜蛋白gp120共有氨基酸序列，序列为SEQ ID NO.1，SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.3。其中SEQ ID NO.1为HIV-1病毒株A/E重组亚型包膜蛋白gp120共有氨基酸序列，SEQ ID NO.2为HIV-1病毒株B/C重组亚型包膜蛋白gp120共有氨基酸序列，SEQ ID NO.3为HIV-1病毒株ThB亚型包膜蛋白gp120共有氨基酸序列。

经密码子优化的编码中国HIV-1流行病毒株包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列，序列为SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5或SEQ ID NO.6。其中SEQ ID NO.4为经密码子优化的编码中国HIV-1病毒株A/E重组亚型包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列，SEQ ID NO.5为经密码子优化的编码中国HIV-1病毒株B/C重组亚型包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列，SEQ ID NO.6为经密码子优化的编码中国HIV-1病毒株ThB亚型包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列。

HIV-1gp120核酸疫苗，该疫苗含有经密码子优化的编码中国HIV-1流行病毒株包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列和真核表达载体。

所述的经密码子优化的编码中国HIV-1流行病毒株包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列为在SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5或SEQ ID NO.6的5’端和3’端分别插入限制性内切酶NheI和BamHI粘性末端的基因序列。

所述的真核表达载体为经内切酶NheI和BamHI切割pJW4303得到的载体片段。

本发明提供的基于中国HIV-1流行病毒株(A/E重组亚型、B/C重组亚型和ThB亚型)包膜蛋白gp120共有氨基酸序列核酸疫苗的构建包括如下步骤：

(1)中国HIV-1流行病毒株(A/E重组亚型、B/C重组亚型和ThB亚型)包膜蛋白gp120共有氨基酸序列分析与获得：

我们从Genebank上收集了中国的HIV-1包膜蛋白gp120的氨基酸序列。应用ThB亚型、B/C重组亚型或者A/E重组亚型中不同病毒株的gp120进行多序列比对，获得针对每一个亚型的共有氨基酸序列。

(2)密码子优化的编码中国HIV-1流行病毒株(A/E重组亚型、B/C重组亚型和ThB亚型)包膜蛋白gp120共有氨基酸序列的基因序列的设计和合成：