[发明专利]冠状动脉粥样硬化预防检测芯片有效
申请号: | 201010127870.7 | 申请日: | 2010-03-18 |
公开(公告)号: | CN102191313A | 公开(公告)日: | 2011-09-21 |
发明(设计)人: | 黄薇;王颖;金力 | 申请(专利权)人: | 上海人类基因组研究中心;上海南方基因科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12N15/11 |
代理公司: | 上海浦一知识产权代理有限公司 31211 | 代理人: | 王函 |
地址: | 201203 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 冠状 动脉粥样硬化 预防 检测 芯片 | ||
1.一种冠状动脉粥样硬化预防检测芯片,包括固相载体和探针,其特征在于,所述探针与待测冠状动脉粥样硬化相关基因的核苷酸序列和/或其互补序列进行杂交。
2.如权利要求1所述的冠状动脉粥样硬化预防检测芯片,其特征在于,所述待测冠状动脉粥样硬化相关基因至少包括一种或两种以上的下述基因:ALOX5AP、HFE、ITGA2、LAMA4、MMP13、PON1、SDC2、SDC4、THBS2和VCAM1。
3.如权利要求1或2所述的冠状动脉粥样硬化预防检测芯片,其特征在于,所述探针为DNA、RNA、DNA-RNA嵌合体、PNA或其衍生物。
4.如权利要求3所述的冠状动脉粥样硬化预防检测芯片,其特征在于,所述探针为DNA,至少选自下述一种或两种以上的探针:
(1)与待测ALOX5AP基因杂交的探针,其选自(a)SEQID NO:1所示序列,(b)SEQID NO:1所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ ID NO:1所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(2)与待测HFE基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:2所示序列,(b)SEQ IDNO:2所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ ID NO:2所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(3)与待测ITGA2基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:3~SEQ ID NO:5所示序列,(b)SEQ ID NO:3~SEQ ID NO:5所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ IDNO:3~SEQ ID NO:5所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(4)与待测LAMA4基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:6~SEQ ID NO:7所示序列,(b)SEQ ID NO:6~SEQ ID NO:7所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ IDNO:6~SEQ ID NO:7所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(5)与待测MMP13基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:8所示序列,(b)SEQ IDNO:8所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ ID NO:8所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(6)与待测PON1基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:9~SEQ ID NO:12所示序列,(b)SEQID NO:9~SEQ ID NO:12所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ IDNO:9~SEQ ID NO:12所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(7)与待测SDC2基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:13所示序列,(b)SEQ IDNO:13所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ ID NO:13所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(8)与待测SDC4基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:14所示序列,(b)SEQ IDNO:14所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ ID NO:14所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(9)与待测THBS2基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:15~SEQ ID NO:17所示序列,(b)SEQ ID NO:15~SEQ ID NO:17所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ ID NO:15~SEQ ID NO:17所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列;
(10)与待测VCAM1基因杂交的探针,其选自(a)SEQ ID NO:18所示序列,(b)SEQID NO:18所示序列中每条序列的互补链,(c)与SEQ ID NO:18所示序列中每条序列有至少70%同源性的序列。
5.如权利要求4所述的冠状动脉粥样硬化预防检测芯片,其特征在于,所述探针选自SEQ ID NO:1~SEQID NO:18所示的序列。
6.一种如权利要求1-5任一项所述的冠状动脉粥样硬化预防检测芯片的制备方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)抽提待测冠状动脉粥样硬化相关基因的核酸;
(2)设计多重PCR引物及SNP特异性探针,PCR引物具有SEQ ID NO:19-SEQ IDNO:54所示序列,SNP特异性探针具有SEQID NO:1-SEQ ID NO:18所示序列;
(3)PCR扩增反应,该反应所用的引物具有SEQID NO:19-SEQID NO:54所示序列的核苷酸链或其互补链;
(4)PCR产物纯化;
(5)针对SNP位点的特异性探针延伸反应;
(6)芯片特异性杂交。
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