[发明专利]黑素皮质1型受体基因的SNP及其应用

说明书

技术领域

本发明属于遗传领域，具体为黑素皮质1型受体(melanocortin 1receptor，MC1R)基因的SNP位点。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。

在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。总的来说，位于编码区内的SNP(coding SNP，cSNP)比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的1/5.但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此cSNP的研究更受关注。

从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种：一种是同义cSNP(synonymous cSNP)，即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义cSNP(non-synonymous cSNP)，指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。cSNP中约有一半为非同义cSNP。

黑素皮质素1型受体(melanocortin 1 receptor，MC1R)基因具有调节哺乳动物细胞黑色素形成的作用，MC1R基因只包含一个编码317个氨基酸的外显子，这个外显子中单核苷酸多态性目前发现的有28个。研究表明该基因与红色头发、白皙皮肤、雀斑和皮肤癌关联。(Nat.Genet.11，328-3301995)。

发明内容

本发明旨在提供人黑素皮质素1型受体(melanocortin 1 receptor，MC1R)基因CDS区第421位和第497位的单核苷酸多态性(SNP)。

本发明的另一个目的在于将上述单核苷酸多态性检测黑色素生成异常。

本发明提供了MC1R基因两个新发现的单核苷酸多态性(SNP)，是SEQ ID NO：1所示序列的人MC1R基因的第421位的G-＞A多态和第497位的C-＞G多态。还提供了这两个SNP的较小等位基因在中国汉族人群中的频率。

经过对MC1R基因单核苷酸多态性进行广泛而深入的研究，分析发现这两个SNP均导致氨基酸编码发生改变。其中第421位SNP(G-＞A)导致第141位氨基酸由Asp(D)-＞Aln(N)，由于这是不同性质氨基酸的置换，将会导致MC1R基因编码的蛋白活性发生改变，从而不能很好的调节黑色素的生成。目前这个SNP在NCBI网站的dbSNP数据库中尚未登录，这将是人MC1R基因一个新的SNP，也将是中国汉族人所特有的。第497位SNP(C-＞G)导致第166位氨基酸由Ala(A)-＞Gly(G)，MC1R基因编码蛋白的结构会发生一定程度的变化，这也会影响到蛋白的活性。

本发明提供了一种黑素皮质1型受体基因，具有SEQ ID：1的序列，且第421位为G或A，即MC1R基因第421位存在SNP，为GA多态。

一种黑素皮质1型受体基因，具有SEQ ID：1的序列，且第497位为G或C，即MC1R基因第497位存在SNP，为GC多态。

上述黑素皮质1型受体基因可用于制备检测黑色素异常的试剂。

一种检测黑色素异常的试剂盒，包括SEQ ID：2或SEQ ID：3所示的引物对，可特异性扩增得到含有上述SNP位点的MC1R基因。

此发现如果应用于黑色素生成方面的研究，将为改善肤色等体表特征的美容研究提供一定的理论依据。

附图说明

图1为人MC1R基因第421位SNP GA基因型的峰图示意图

图2为人MC1R基因第497位SNP GC基因型的峰图示意图。

具体实施方式

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1基因组的提取和测序