[发明专利]CYP3A5基因SNP检测特异性引物、液相芯片和检测方法

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及CYP3A5基因SNP检测特异性引物、液相芯片和检测方法。 

技术背景

细胞色素P450酶系(cytochrome P450 enzyme system，CYPs)是参与外源化合物解毒和内源化合物代谢的重要酶系，主要有CYP1、CYP2、CYP3三大家族。CYP3A5是CYP3A亚族中重要的一种同工酶。其遗传多态性影响着许多经CYP3A介导的药物，如地尔硫、阿芬太尼等在肝微粒体中的氧化代谢，该酶的活性存在明显的个体差异，对不同个体的药物治疗作用和不良反应及药物毒性产生重要影响，是引起个体及种族间对同一底物代谢能力不同的原因之一。其在药物的相互作用中发挥至关重要的作用，并与肿瘤化疗耐药密切相关。 

CYP3A5野生型定义为CYP3A5*1，同时存在位点6986A和31611C，只有携带至少一个CYP3A5*1等位基因的个体才有CYP3A5的蛋白表达。CYP3A5突变型按发现的早晚顺序命名，迄今已发现了CYP3A5*2、CYP3A5*3、CYP3A5*4、CYP3A5*5、CYP3A5*6、CYP3A5*7、CYP3A5*8、CYP3A5*9等多个突变等位基因。其中，存在于第3内含子6986位点的SNP(A→G)最为重要，定义为CYP3A5*3。该突变引起可变剪切缺失，产生不稳定蛋白质，从而使突变型纯合子个体，即基因型为CYP3A5*3/*3的携带者不表达CYP3A5蛋白，使CYP3A5酶活性降低或消失。CYP3A5*3等位基因突变在各种族人群中的发生频率最高，是人群中CYP3A5基因最主要的多态性，中国人群的突变率高达71％-76％。CYP3A5第11个外显子的1280位点存在单碱基突变(C→A)，即CYP3A5*2，该位点导致第398位点上的色氨酸变为天冬酰氨，并产生 Tsp509酶切位点，但在亚洲人群中几乎没有找到发生率。CYP3A5*4为发生在外显子7的14665A＞G突变，CYP3A5*5为发生在内含子5的12952T＞C突变，两者在中国人群中发生率约为1％；CYP3A5*6是发生在外显子7中的14690G＞A突变，使剪接产生改变，进而影响CYP3A5的酶活；而CYP3A5*7是发生在内含子3中的27131_27132insT，致使346位阅读框发生移动，其产生的移码突变将影响CYP3A5*3的表达，进而影响蛋白酶活，并以10％的频率在非洲和美洲人群中出现；CYP3A5*8为外显子2上的3699C＞T突变，使第28位的精氨酸突变成半胱氨酸(R28C)；CYP3A5*9为外显子10上的19386G＞A突变，使第337位的丙氨酸突变成苏氨酸(A337T)，在中国人群中发生率为2％。 

目前国内外只有少量检测CYP3A5基因多态性的产品上市，主要是使用实时荧光定量PCR技术的 CYP3A5，而大部分仍处于实验研究阶段。已报道检测CYP3A5多态性的方法主要有传统固相芯片和实时荧光定量PCR，其中，传统固相芯片价格昂贵，敏感性不高，检测结果的可重复性差，而实时荧光定量PCR技术存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点，同时由于检测通量存在局限性，不能满足检测应用的需要。 

发明内容

本发明的目的之一是提供CYP3A5基因SNP检测液相芯片。该液相芯片可用于检测CYP3A5基因的正常基因型以及五种常见等位基因型CYP3A5*3、CYP3A5*6、CYP3A5*7、CYP3A5*8、CYP3A5*9的变异。 

实现上述目的的技术方案如下： 

一种CYP3A5基因SNP检测液相芯片，主要包括有： 

(A).针对CYP3A5基因的SNP位点分别设计的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag 序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列分别为：针对A6986G位点的SEQ ID NO.11及SEQ ID NO.12、针对G14690A位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14、针对27131_27132insT位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16、针对C3699T位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18、和/或针对G19386A位点的SEQ ID NO.19及SEQ IDNO.20，所述tag序列选自SEQ ID NO.1-10中的序列；