[发明专利]猪繁殖性状相关基因NCOA1及其在猪标记辅助选择中的应用

说明书

技术领域：

本发明属于猪的分子标记制备技术领域，涉及一种与猪繁殖性状相关的分子标记的存在，具体地说，是涉及一种与猪繁殖性相关的如SEQ ID NO：1所示的NCOA1基因，更进一步地说，是涉及检测该基因的多核苷酸序列中的单核苷酸多态性位点的存在。

背景技术：

猪繁殖性状具有重要的经济性状，其遗传基础十分复杂，繁殖性状被认为是由多基因控制的一类性状。该性状遗传力极低，并且是限性性状，所以对该性状的改良十分有限，20世纪80年代以来，随着分子辅助选择和标记辅助渗入等分子育种技术，这些技术与常规育种方法相结合，大大提高了猪的育种效率。

目前的研究结果表明，在猪的基因组中存在产仔数的数量性状基因座(QTL)和主效基因，它们对决定产仔数的多少起重要作用。已经发现多个与产仔数相关的候选基因，如雌激素受体、催乳素受体、促黄体素、视黄酸受体、视黄酸结合蛋白、骨桥蛋白等基因。

核受体辅激活蛋白1基因(Nuclear receptor co-activator 1 gene，NCOA1)，又称为类固醇受体辅激活蛋白1基因(SRC1)，是影响猪繁殖性状的一个候选基因。

核受体辅激活蛋白通过与结合到DNA上的核受体相互作用增强转录活性。受到NCOA1影响的核受体，如ESR，雄激素受体(AR)，在动物的生长发育，体内平衡，和繁殖等生理过程中起到重要作用。带负电的DNA和带正电的组蛋白N端有很强的相互作用，并且核小体的紧密结构通过限制转录因子结合到基因进而抑制DNA的转录。组蛋白乙酞基转移酶的活性使辅激活蛋白可以增强核受体的转录活性，并可以通过为其他辅因子提供结合位点而形成稳定的起始前复合物。由此可见，NCOA1蛋白可调节与猪繁殖性状的有关基因的转录，从而影响这些基因的表达。

NCOA1与结合在DNA上的雌激素受体复杂的相互作用并加强其转录活性。NCOA1蛋白在暴露其他难接近的染色质的过程中使组蛋白乙酰化并与其他乙酰基转移酶(P300/CBP)相互作用。因此，NCOA1蛋白增强了雌激素受体的活性，反过来也刺激特定的雌激素反应基因的转录并调节随后的生理反应。国内虽有一些关于人和小鼠NCOA1基因的报道，但还没有猪NCOA1基因与产仔数性状的相关报道，然而有研究表明NCOA1可能是影响母猪多产性状的候选基因，该基因定位于猪3号染色体上。人的NCOA1基因总共有183.4kb，含有22个外显子，其cDNA长度为4721bp。

发明内容：

本发明所要解决的技术问题是：针对上述现有技术的不足，提供一种猪繁殖性状相关NCOA1基因及其在猪标记辅助选择中的应用，为猪标记辅助选择提供有用的分子标记。

为了解决上述技术问题，本发明所采用的技术方案是：一种猪繁殖性状相关基因NCOA1，其DNA序列如序列表SEQ ID NO：1所述。所述序列表SEQ ID NO：1的第314bp处有一个T314→C314的碱基突变，导致PCR-RFLP-Rsa I多态性。

上述NCOA1基因的多态性是利用比较基因组学方法根据人的NCOA1基因的保守区设计引物，以猪的基因组DNA为模板扩增，利用限制性内切酶Rsa I对PCR产物进行酶切鉴定，检测在克隆得到的NCOA1基因片段的第314bp处是否存在T→C的突变。

上述克隆及检测NCOA1基因突变所用的引物为：

正向引物：5′-CTTCTCTGCCAGTTCTCCAGTC-3′，

反向引物：5′-CTTACAGGAGGGTAGCCCCT-3′。

上述猪繁殖性状相关基因NCOA1在猪分子标记辅助选择中的应用。

利用上述制备的与猪繁殖性状相关的分子标记可对外来猪和中国地方猪进行关联分析的应用。

本发明利用比较基因组学方法根据人的NCOA1基因的保守区设计引物，以猪的基因组DNA为模板扩增，扩增片段利用SSCP技术和测序技术发现SNP，并利用PCR-RFLP进行基因分型，再利用SAS软件GLM(通用线性模型)分析SNP与繁殖性状的关联度。

SNP发现与检测方法建立：发明人设计了扩增包含该SNP引物，该基因扩增片段有440bp，当第314bp位置是T时，则该Rsa I酶切位点不存在，Rsa I酶切后检测结果只有1个片段，长度是440bp(定为等位基因A)；当存在T314→C314的转换时，其结果导致第314bp处一个Rsa I酶切位点的产生，得到2个片段，长度分别为314bp和128bp(定为等位基因B)，三种基因型AA，AB、BB，如图1所述。